崔日用进士出身，初为芮城县尉。
大足元年(701年)，武则天回长安，路经陕州。崔日用替刺史宗楚客尽心招待，得其赞赏，被推荐为新丰县尉，不久拜监察御史。
神龙元年(705年)，唐中宗即位。崔日用攀附宗楚客、武三思、武延秀等，得以骤迁兵部侍郎兼修文馆学士。
景云元年(710年)，中宗暴毙。崔日用担心祸及自己，得知临淄王李隆基要举事，遂暗中结纳，预谋兵变。李隆基发动唐隆之变时，命崔日用权知雍州长史事。之后以功授银青光禄大夫、黄门侍郎，参知机务，封齐国公。任宰相月余，与中书侍郎薛稷不合，两人在中书省大吵，崔日用由是转雍州长史，停知政事。不久出为扬州长史，历婺、汴二州刺史、兖州都督、荆州长史。
玄宗与太平公主素为不睦，打算消灭公主一党，遂跟崔日用讨论，日用说：“太平公主谋逆有期，陛下往在宫府(太子)，欲有讨捕，犹是子道臣道，须用谋用力。今既光临大宝，但须下一制，谁敢不从?”并建议“先定北军，次收逆党，不要惊动太上皇”。先天二年(713年)七月初四，玄宗完全按照崔日用的计划行事。遂诛太平公主。拜吏部尚书。后因事出为常州刺史，削实封三百户，转汝州刺史。
开元十年(722年)，转并州大都督府长史。不久卒，时年五十，赠吏部尚书，谥曰昭。后又赠荆州大都督。