苏孝慈早年为西魏右侍中士、旷野将军。公元五五六年西魏禅位于北周，北周授孝慈中侍上士，右侍上士。北周武帝天和四年(569)授都督，出使北齐，后升大都督、正大都督，统率禁军。天和六年孝慈再次出使北齐，授宣纳上士，颇得武帝信任。武帝建德四年(575)授持节车骑大将军，仪同三司大都督，仍领禁军。建德五年随武帝出征北齐，次年北齐亡，授慈开府仪同大将军。建德五年随武帝出征北齐，次年北齐亡，授慈开府议同大将军，封瀛州(今河北河间)文安县开国公，食邑一千五百户。后迁工部中大夫。公元五八一年，北周相国杨坚受禅代周建立隋朝，是为文帝。隋文帝授慈太府卿，进爵泽州(山西晋城西北)安平郡开国公、兵部尚书，太子右卫率。隋文帝开皇四年(584)以渭河水多沙，命宇文恺开广通渠，从大兴城东引渭水到潼关三百余里，以便漕运。孝慈任漕渠总副监，督凿漕渠，渠成漕船从黄河可直达长安。后任太子左卫率、工部、民部、刑部尚书，进位大将军。开皇十八年(598)文帝欲废太子杨勇，改立杨广，恐孝慈在东宫太子结伙反对，便调出京，改授淅州(河南西峡县北)刺史，以翦除太子势力。文帝仁寿元年(601)被迁授使持节总管洪、吉、江、虔、饶、袁、抚七州诸军事，洪州刺史，交州(今广州)道行总管。仁寿二年(602)病卒于交州任所。次年二月归葬蒲城县苏起诉书乡北姚村新庄子西南，谥安公。