父亲是梁朝的官吏。十七岁时，值梁末兵乱，家庭分散，颠沛流离，遂在荆州长沙寺佛像前发愿为僧。十八岁投湘州(今湖南长沙市)果愿寺法绪出家，授以十戒;师叫他去慧旷律师处学律，二十岁受具足戒。这时他已精研律学，深好禅观。
陈文帝天嘉元年(560)听说慧思禅师从北方南下，居于光州(今河南光山县)大苏山，他就前往请益。慧思为他演说四安乐行，他日夜勤习，造诣甚深。二十三岁拜慧思为师，修习禅法，证得法华三昧。陈光大元年(567)慧思临去南岳时，嘱他往金陵(今南京)弘传禅法，他就和法喜等二十七人一同东下，到达陈都讲禅。过了两年(569)，受请主瓦官寺开讲《法华经》，树立新的宗义，判释经教，奠定了一宗教观的基础。
智顗住瓦官寺前后八年，除讲《法华经》而外，还讲《大智度论》和《次第禅门》(即《释禅波罗蜜次第法门》)，写出《六妙法门》等。陈太建七年(575)离开金陵，初入天台山，于北面山峰，创立伽蓝，栽植松栗，引入流泉。又往寺北的华顶峰，行头陀行，昼夜禅观。
陈至德三年(585)三月，智顗再到金陵，住灵曜寺。陈少主请于太极殿讲《大智度论》，又讲《仁王般若经》，慧暅、慧旷、慧辩等名僧都奉命参加讨论。后移居光宅寺，讲《法华经》。弟子灌顶随听随记，录成《法华文句》。此后智顗所讲经义，多由灌顶笔录成书。陈亡，智顗上庐山隐修。
隋开皇十一年(591)，晋王杨广为扬州总管，遣使到庐山坚请智顗往扬州传戒，他即前去为杨广授菩萨戒，受到“智者”的称号。次年(592)他回到故乡荆州，于当阳县玉泉山创立玉泉寺。此后两年(593—594)在寺讲《法华经玄义》和《摩诃止观》。
开皇十五年(595)春，智顗又从杨广之请，再到扬州，撰《净名经疏》，九月，辞归天台，重整山寺，习静林泉，这时他已五十八岁了。以后两年(597)，会稽嘉祥寺沙门吉藏，曾奉书天台邀请他到嘉祥寺讲《法华经》，他因病未能前往。过了些时，他在病中对弟子们口授《观心论》。十月，杨广遣使入山迎请，他仍勉强出山，走到石城，疾亟不能前进，不久入寂，世寿六十岁，僧腊四十。智顗生平造寺三十六所，入灭后，晋王依照他的遗愿在天台山另行创建佛刹，后于大业元年(605)题名为国清寺。
印光大师云：智者大师，释迦之化身也。临终有问：“未审大师证入何位?”答曰：“我不领众，必净六根(即十信位，获六根清净，如法华经法师功德品所明)。损己利人，但(只，仅)登五品(五品，即观行位，圆伏五住烦恼，而见惑尚未断除)。”(下略)实恐后人未证谓证，故以身说法，令其自知惭愧，不敢妄拟故耳。(印光大师《佛法修行止偏法要》)