高孝珩是北齐神武帝高欢之孙，文襄帝高澄次子，母王氏。天保元年(550年)，高孝珩的二叔高洋受禅登基，建立北齐政权，是为文宣帝。文宣帝登基后，封高孝珩为广宁王。此后高孝珩历任司州牧、尚书令、司空、司徒、录尚书事、大将军、大司马等职务。
后主高纬在晋州被北周军打败，逃到邺城，下诏命王公大臣在含光殿商议对策。高孝珩认为大敌既已深入，事情随时都会变化，应该派任城王率领幽州道的兵马进入土门，声言进攻并州;命独孤永业率领洛州道的兵马西入潼关，扬言要攻取长安。自己请求带领京畿一带的兵马进向滏口，擂着战鼓与敌人作战。敌兵听到南北都有我们的兵马，自然就会溃散。他又请求朝廷拿出宫女和各种宝物，奖赏将士。后主不采纳他的意见。
幼主高恒即皇帝位后，命孝珩为太宰。他与呼延族、莫多娄敬显、尉相愿共同谋划，定于正月五日由他在千秋门斩杀高阿那肱;尉相愿在宫内带领禁兵响应;呼延族与莫多敬显从游豫园带兵出来。不久，阿那肱从别的地方走便道进入皇宫，使得他们的计划无法实现。他便要求率兵抗击周军，对阿那肱、韩长鸾、陈德信等人说：“朝廷不派遣我领兵抗击敌人，难道是怕我反叛吗?我打败宇文邕的军队，到长安时，造反与国家有什么关系?今天的情况这样危急，还如此猜忌?”高阿那肱、韩长鸾害怕他有变故，将他调出京城任沧州刺史。
他派五千人在信都与任城王会合，共同作匡扶国家的打算。周齐王宇文宪前来进攻，北齐军队力量太弱，不能抵抗敌兵。他发怒说：“因为高阿那肱这个小人，我的愿望无法实现呀!”北齐的叛臣乞扶令和用长矛将他刺下马来，他的仆人白泽用身体护住了他，他仍伤了好多处，后被周军俘虏。
北周的齐王宇文宪问他北齐灭亡的原因，他陈说国家的危难，声泪俱下，悲痛得前俯后仰。宇文宪听了面色也为之改变，亲自为他擦洗伤口，搽上药物，对他礼遇很是优厚。他独自叹息说：“李穆叔曾预言北齐的命运只有二十八年，今天果然应验了!除神武帝以外，我所有的父辈和兄弟一辈，没有一个人的寿命超过四十岁的，这真是天命啊。继位的幼主年纪小，没有独立的见解，宰相也不是柱石一样坚强有力的人物。我恨不能掌握兵权，指授胸中的谋略，以施展自己的智慧。”到长安，按照成例被授予开府、县侯。
后来，周武帝宇文邕在云阳宴请北齐的君臣，自己弹奏胡琵琶，命高孝珩吹笛，他拒绝说：“亡国之音，不值得听啊!”武帝坚持让他吹笛，他举起笛子才到口边，就泪流满面，呜咽哭泣，武帝便不再让他吹奏。这年十月，他得了重病，请求朝廷将他归葬山东，朝廷同意了。不久后去世，葬于邺城。