拓跋仪身高七尺五寸，身材十分魁梧，胡须很漂亮，很有谋略，年轻时能舞剑，骑马射箭超过常人。道武帝拓跋珪前往贺兰部时，拓跋仪随从出入。登国初年(386年)，拓跋仪被封为九原公。随从道武帝打败各部落，有谋略和征战的功劳。
登国三年(388年)八月，道武帝派遣拓跋仪出使后燕，让他窥伺后燕的间隙以便消灭后燕。后燕皇帝慕容垂向拓跋仪询问道武帝不亲自来的用意，拓跋仪说：“先辈以来，世代占据北方土地，子孙相继，不失旧业。祖宗接受晋国的统辖，爵位称代王，东和燕国世代为兄弟。我奉命而来，道理是没有错的。”慕容垂认为他的回答有胆量，因此开玩笑说：“我的声威遍及四海，你的君主不亲自来见我，怎能不是错误?”拓跋仪说：“燕国如不整修文德，想用军威来增强自己，这是本朝将帅的事，不是我所知道的。”等到拓跋仪从后燕返回北魏，向道武帝禀报说：“慕容垂死后才可以动手消灭后燕，现在不行。”道武帝严肃地问他。拓跋仪说：“慕容垂年纪已老，他的儿子慕容宝软弱而没有威信，谋略不能决断。慕容德自恃有才华，不是软弱君主的臣子。嫌隙将在内部发生，那时可以图谋他们。”道武帝认为他说的很有道理。后来，道武帝改封拓跋仪为平原公。
登国六年(391年)三月，道武帝派拓跋仪和陈留公拓跋虔等人向西征讨黜弗部，大败黜弗部。同年，道武帝征讨刘卫辰，拓跋仪从另外的道路出兵，获得刘卫辰的尸首，传送首级到行宫。道武帝大喜，改封拓跋仪为东平公。 登国九年(394年)三月，道武帝命令拓跋仪在黄河以北督促屯田，从五原到棝杨塞外，分派人员耕种，很得人心。
登国十年(395年)七月，慕容垂派慕容宝率军进犯五原，建造舟船，掠夺粮食。道武帝命拓跋仪率军占据朔方。九月，拓跋虔率五万骑兵驻扎河东，阻断后燕军的左翼;拓跋仪率五万骑兵驻屯河北，包抄燕军的后路;略阳公拓跋遵率七万骑兵切断后燕军的南归之路。等到并州平定，拓跋仪的功劳很大，升任为尚书令。跟随道武帝包围后燕的中山。慕容德失败后，道武帝把慕容普驎的妻子周氏赐给拓跋仪，以及奴仆和财物。皇始元年(396年)十一月，当时常山以东地区，后燕的郡县长官或弃城逃窜，或投降北魏，只有中山、邺城、信都三城尚未攻下。于是道武帝命拓跋仪率五万骑兵攻打邺城，命冠军将军王建、左军将军李栗等攻打信都，传令大军所过之处，不得损害百姓的田地家园。道武帝亲自率军围攻中山。皇始二年(397年)四月，道武帝因军粮缺乏，命拓跋仪解除对邺城的包围，移驻钜鹿，将粮草集中于杨城。五月，道武帝升任拓跋仪为骠骑大将军、都督中外诸军事、兖豫雍荆徐扬六州牧、左丞相，晋封为卫王。十月，道武帝平定中山，又派三万骑兵增援拓跋仪，准备攻打邺城。 天兴元年(398年)正月，慕容德自邺城退守滑台，拓跋仪占领邺城，收管后燕设在城中的仓库。拓跋仪追击慕容德直至黄河，没有追上率军返回。同月，道武帝将回到代都，于是在中山设置行台，诏令拓跋仪兼任尚书令来镇守中山，远近归附。三月，道武帝征召拓跋仪以丞相之职回京，辅佐朝政，命拓跋遵代替拓跋仪镇守中山。闰十一月，拓跋仪与诸位王公大臣，齐到金銮殿上书劝道武帝称帝，道武帝再三推让才同意。
天兴二年(399年)二月，北魏各路大军会合，击败高车三十多个部落，俘获七万多人。拓跋仪率领三万骑兵，另从西北横渡沙漠一千多里，击败高车其余的七个部落，俘获二万余人，马五万多匹，牛羊二十多万头，大车二十多万辆，以及服饰珍玩等物品。拓跋仪又跟随道武帝讨伐姚平，有战功，赐给绢布绵、牛马羊等物。拓跋仪四肢力气超过常人，拉弓的力量将近十石;而拓跋虔所使用的长矛大得出奇。所以当时的人说：“卫王的弓，桓王的矛。”
天赐五年(408年)，道武帝的孙子拓跋焘出生，道武帝非常高兴，夜晚召拓跋仪入宫。道武帝说：“你听到夜晚召唤，竟不奇怪畏惧吗?”拓跋仪说：“臣下诚心事奉陛下，陛下明察，臣下就自然安心了。夜晚忽然接到诏令，奇怪是有的，畏惧实在没有。”道武帝把孙子拓跋焘出生的事告诉他，拓跋仪起身叩拜而歌唱起舞，于是对饮到早晨。道武帝召群臣进宫，赐皇帝所使用的马和皮带、缣锦等物给拓跋仪。此前，上谷人侯岌、张衮，代郡人许谦等有名于当时，学问博通古今，开始来到都城，听说拓跋仪善待士人，就先到拓跋仪那里。拓跋仪都尊重他们，一起谈论当代事务，指点河山，分辨城乡。各处的成败要害，仓猝之间一一列举。许谦等人叹服，相互间说：“平原公有不可每世出现的雄才大略，我们应当依附在他后面。”
道武帝因拓跋仪有才器声望，对他尤其尊重，多次前往他的宅第，如同家人的礼仪。拓跋仪仗恃功劳宠信，于是和宜都公穆崇阴谋作乱，埋伏武士窥伺道武帝，想杀死他。穆崇的儿子穆遂留在埋伏的武士中，道武帝征召他，将要有所派遣。穆遂留听到征召，恐怕事情败露，翻墙报告道武帝，但道武帝却保密此事，宽恕了拓跋仪。天赐六年(409年)八月，当时有一个占卜的人，说天象变化多，认为将有叛臣被杀。道武帝心中厌恶，杀了很多公卿，想以此来消除天灾。拓跋仪因此心内不安，单人匹马逃跑。道武帝派人捉住他，并将他赐死，以平民礼仪安葬。