世祖拓跋焘时，担任司卫监。跟随征伐蠕蠕，忽然遇到贼寇的别部，敌众我寡，拓跋祯于是在山上解开马鞍放马，以显示有埋伏，贼寇果然怀疑而回避他们。
高祖拓跋宏初年，获赐爵位为沛郡公。后来被任命为南豫州刺史。大胡山蛮人时常抄掠，前后的郡守州牧大多维系而已。拓跋祯于是设下谋略，召集新蔡、襄城蛮人魁首三十多人，元祯全副武装，在州城西为他们设酒宴，让他们观看射箭。先选择左右能射击的二十多人，拓跋祯自己射了几箭都中了靶，然后命令左右依次射击，都射中了。预先放出一个犯死罪的囚徒，命他穿上军服，也参加射击的行列，命他射击射不中，拓跋祯当即斥责而杀了他。蛮人魁首等信服拓跋祯的技能畏惧他的威风，互相看着发抖。又预先教左右的人选取死罪囚犯十人，都穿上蛮人衣服，说是抄掠的贼寇。拓跋祯于是到座位上，假装抬眼看天，略微有风吹动，拓跋祯对蛮人说：“风稍微暴烈，似乎有抄掠的贼寇进入境内，不过十来人，当在西南五十来里的地方。”就命令骑兵追击，果然捆绑送上十人。拓跋祯对蛮人们说：“你们乡间有人如此抄掠，该不该处死?”蛮人都叩头说： “罪该万死。”拓跋祯就杀了十人。于是放蛮人返回，并加以慰问告谕。蛮族大为信服，从此境内没有残暴的掳掠。淮水以南的人相继归附的有三千多户，安置在城束汝水的旁边，名叫归义坊。
当初，豫州城中豪强胡丘生多次和外人勾结。等到拓跋祯担任刺史，丘生曾经犯罪，心怀仇恨图谋不轨，假装结婚聚集市民告诉大家说：“刺史想迁移城内大户人家，送到代京。”共同谋划在城中造反。市民石道起将事情秘密报告给拓跋祯，建议快速掩袭丘生和所有参预谋划的人。拓跋祯说：“我不辜负别人，别人凭什么叛乱?只是丘生欺骗了大家。如果马上逮捕，众人必定大为畏惧。我平静地等待他们，不久自己将后悔归服。”话没说完，城中三百人自己捆绑到了州府门前，陈述丘生狡谲欺骗的罪行。丘生单人匹马逃跑。拓跋祯宽恕而不追究。