何之元，庐江郡灊人。何之元幼年好学，有才思，服丧超越礼节，被梁朝司空袁昂所看重。
天监末年，袁昂上表推荐他，因而得以被召见。初任梁朝太尉临川王扬州议曹从事史，不久转主簿。到袁昂为丹阳尹，他被任为丹阳五官掾，总户曹事。继而封为信义令。何之五宗族人何敬容，权势地位均贵盛，多次约他去访，何之元始终没有造访他。有人问他是什么缘故，何之元说：“昔日楚人得宠于观起，有马的人都死了。凡是德薄而地位高的人，必近于败，我恐怕得不到他的好处反而会招来祸害。”有识之士以此称道他。
安西武陵王任益州刺史时，任命何之元为安西刑狱参军。侯景之乱时，武陵王以太尉承制，授何之元为南梁州刺史、北巴西太守。武陵王自盛都举兵东下，何之元与蜀中民众上奏抗表请求不要出行，王以为这是沮丧众人，囚禁何之元于舰船中。到武陵王兵败，何之元跟从邵陵太守刘恭到郡。不久江陵陷落，刘恭隧死，王琳召包之五为记室参军。梁敬帝册封王琳为司空，何之元被封为司空府谘议参军，领记室。
王琳立萧庄时，何之元被任命为中书侍郎。正值齐文宣帝薨，命何之元前去吊丧，回到寿春时，王琳败，齐主命他为扬州别驾，所治之地即寿春。到众军北伐。收得淮南地，湘州刺史始兴王叔陵派功曹史柳咸下书札召何之元.何之元开始时与朝廷有矛盾，到书札来，十分惶恐，读到“孔璋无罪，左车见用”，何之元仰面叹道：“辞旨如此，怎么会欺骗我呢?”便随柳咸到了湘州。太建八年，封为中卫府功曹参军事。不久改任谘议参军。
到叔陵被杀，何之元便摒绝人事，锐意精于著述。他认为梁朝始自武皇，终于敬帝，它的兴亡命运，盛衰轨迹，足可以为后世作鉴戒，定是非褒贬。查究它的始终，起于齐永元元年，终于王琳被捉获。共七十五年行事，草创为三十卷，定名为《梁典》。
祯明年，京城陷落，便移居常州的晋陵县。隋朝开皇十三年，死于家中。