司马晞没有学识才能，喜好习武练兵，因此遭到大司马桓温的忌恨 ，桓温很想将他废黜。 太和六年(371年)十一月，桓温废黜晋废帝司马奕，改立司马昱为帝，是为晋简文帝。同月二十一日，桓温上表诬告司马晞说：“司马晞出身于皇族，恩宠显耀于世，不能遵循王法，修身慎行，却聚合轻浮小人，隐藏亡命之徒。另外他的儿子司马综傲慢残忍，施虐于人。袁真叛逆，事情与他有牵连。近来他猜疑恐惧，将会成为祸乱的缘由。请求免除司马晞的官职，让他以王的身份返回藩地。免除其子司马综的官职，解除其子司马〈王逢〉散骑常侍的官职。”晋简文帝于是同意。司马〈王逢〉以梁王的身份跟随司马晞，司马晞遭贬黜后，送八十五匹马、三百名士兵及其兵器归于桓温。 十一月十七日，桓温派其弟桓秘逼迫新蔡王司马晃诬称自己与司马晞、司马综及著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘彊、散骑常侍庾柔等人阴谋反叛。晋简文帝面对他流下眼泪，桓温把他们全都抓起来送交廷尉。 十一月二十一日，御史中丞司马恬在桓温的指令下进上表章(一说是桓温自己上表，请求杀掉司马晞)，请求晋简文帝杀掉司马晞等人，言词非常激烈恳切。但在晋简文帝的坚持下，桓温虽然再作请求仍不得同意。桓温于是奏请黜废司马晞及其三子，将司马晞全家迁徙到新安郡。十一月二十二日，桓温将殷涓等人诛灭全族，废黜司马晃流放衡阳郡。
去世平反太元六年(381年)十月，司马晞在新安郡逝世，享年六十六岁。晋孝武帝司马曜在司马晞死后第三天亲临西堂，下诏说：“这是摧人肺腑之事，应奉迎灵柩，同时移葬其妃子应氏和故世子梁王司马〈王逢〉等，家属都迁徙回来。”，晋孝武帝又下诏说：“已故的前武陵王司马晞出身皇室，克己思过。依照先朝的仁义宽厚，怎能于情礼无所寄托呢!现追封他为新宁郡王，食邑一千户。” 于是追封司马晞为新宁郡王，谥号威，并由其子司马遵继嗣。太元十二年(387年)，晋孝武帝恢复司马晞的武陵王爵位。