因功进爵司马繇胡须漂亮，性情刚毅，有威望，博学多才，事奉亲人孝顺，居丧穷尽礼仪。初封东安公，历任散骑黄门侍郎、散骑常侍。 诛杀杨骏时，司马繇屯兵于云龙门，兼统领众军，因有功官拜右卫将军，兼任射声校尉，进封爵位为东安郡王，食邑两万户。后来加任侍中，兼任典军大将军，仍然兼任右卫将军。后来再次升任尚书右仆射，加任散骑常侍。
贬爵流放东夷校尉文俶(即文鸯)与司马繇的外祖父诸葛诞有杀父仇，司马繇生怕文鸯为舅家之患，故构陷其为杨骏一党，夷文鸯三族。由于司马繇专权，一天之内恣意赏罚达三百余人，故而招致司马亮的疑忌，加上司马繇之兄司马澹从中挑拨，最终导致司马亮将司马繇免职，后流放东北带方郡。
劝降被杀永康初年，司马繇起复为宗正卿，后升为尚书左仆射，不久因母亲去世，守丧于邺。晋惠帝起兵讨伐司马颖时，司马繇力劝司马颖投降。但是司马颖很快击败朝廷军队，反而忌恨司马繇，将其处死。