刘穆之家族世居京口。他年轻时喜欢读书，故此博览群书，通晓多种知识，为琅邪内史江敳赏识，担任其建威将军府主簿。
重建秩序元兴三年(404年)，刘裕于京口(今江苏镇江市)起兵讨伐桓玄，占领京口后向何无忌询问主簿人选，何无忌就推荐刘穆之担任。刘裕不久就击败桓玄，攻占了建康，当时决定大事的都是刘穆之，纵然很多事都要仓促决定，但都处理得相当妥当。刘裕亦视刘穆之为心腹，凡事都询其意见;刘穆之亦尽心协助，不遗余力。当时东晋法律宽松，纲纪不立，门阀豪强可恃势凌人，平民则无法自处。刘穆之都以当时形势调校矫正法令，更让平民对法律有所适从。在刘裕以身作则下，很快就改变了当时的政治风气。刘穆之一度转任尚书祠部郎，及后再任刘裕的府主簿，再转纪室录事参军，领堂邑太守。又因平定桓玄的功勋，封西华县五等子。
助取朝权义熙三年(407年)十二月，扬州刺史、录尚书事王谧去世，按位望应以刘裕接任。至次年(408年)正月，刘毅因为不想刘裕接任，以录尚书事坐镇中枢，于是建议由中领军谢混接替，或刘裕于丹徒(今江苏镇江市丹徒区)任扬州刺史，而中枢事务就交由孟昶负责。当时刘毅派了尚书右丞皮沈将两个建议告知刘裕，而皮沈就先去见刘穆之，并将朝中议论的情形也一并告知。刘穆之听后就假装如厕，暗中告诉刘裕不可顺从皮沈带来的两个建议。刘裕与皮沈见面后就召来刘穆之询问原由，刘穆之则说晋朝经历过司马道子乱政及桓玄篡位后天命已移，刘裕以今天的功勋和地位已经是退不下来的了，而刘毅等人其实并不是心服在刘裕之之下，终会有一番争斗。又表示杨州是根本之地，不可以由他人掌握，若果放弃就必会受制于人，权柄一失亦不可再拿回来，要刘裕以议题重要为由，亲身入朝讨论，以稳取扬州刺史的位置。最终刘裕听从，亦顺利接任扬州刺史、录尚书事一职，掌握了中枢权力。义熙五年(409年)，刘裕北伐南燕，刘穆之随军;次年灭南燕后因应卢循叛乱威胁建康，刘穆之又随刘裕率军回守建康。刘穆之在这两件事上都经常在背后计谋划策，决定要事。刘毅因而厌恶刘穆之，常故作平常地和刘裕表示刘穆之权力太重，但刘裕却更加信任刘穆之，并让刘穆之转任其司马。义熙八年(412年)，加刘穆之丹杨尹。