尹默是益州梓潼郡人。东汉末年，益州的学者大多重视今文经学而不重视章节句读的的剖析，尹默知道这些学者的学识不够广播，于是远游到荆州，跟从著名学者司马徽、宋忠等学习古文经学。尹默通晓当时各种经书、史书，又专一求精般去研习史著《春秋左氏传》。从西汉经学家刘歆对书中体例的阐述，到东汉经学家郑众、贾徽和贾逵父子、陈元、服虔对书本的注释见解，尹默都能大致诵读讲述，不用再对照原书，可见他对《春秋左氏传》的研究所下功夫之深。
公元214年(建安十九年)，刘备击败刘璋夺得益州，自领益州牧，任命尹默为劝学从事，作为益州的学官。公元220年(建安二十五年)，尹默随百官一起上言刘备劝其登皇帝位。一年后，刘备即位为帝，立刘禅为太子，以尹默为太子仆，教授刘禅《春秋左氏传》。公元223年(建兴元年)五月，刘禅继位为帝，改元建兴，拜授尹默谏议大夫。蜀汉丞相诸葛亮驻军汉中，任命尹默军祭酒。公元234年(建兴十二年)八月，诸葛亮在北伐中病逝，汉军退回蜀中，尹默于回到成都后被授任为太中大夫。后逝世，儿子尹宗继承了其学业。