入宫封后——延熹八年(165年)二月，汉桓帝废黜皇后邓猛女。同年，窦妙被选入掖庭，受封为贵人。同年十月二十日，汉桓帝立窦妙为皇后。窦妙虽然贵为皇后，但很少受到汉桓帝的宠幸，汉桓帝最宠幸的是采女(宫女)田圣等人。
拥立灵帝——永康元年(167年)冬天，汉桓帝卧病，便擢升田圣等九名采女为贵人。同年十二月二十八日，汉桓帝病逝。十二月二十九日，窦妙被尊为皇太后。因汉桓帝无子，窦妙的父亲城门校尉窦武召侍御史、河间人刘儵，向他询问河间国中王子、列侯中的优秀者，刘儵推举解渎亭侯刘宏。窦武入宫报告女儿太后窦妙，于是窦妙派代理光禄大夫刘儵持符节，率领左右羽林军到河间迎接刘宏继位。建宁元年(168年)正月初三日，窦妙任命父亲窦武为大将军。正月二十日，刘宏来到洛阳夏门亭，窦妙派窦武持符节，用王青盖车迎刘宏入殿中。正月二十一日，刘宏即皇帝位，是为汉灵帝。
家族失势——窦妙素来性格忌妒残忍，积怒田圣等人，汉桓帝灵柩尚在前殿，就把田圣杀了。又想把汉桓帝的所有贵人都杀掉，中常侍管霸、苏康苦苦劝谏，才没有下手。当时窦武阴谋诛杀宦官，而中常侍曹节等诈称汉灵帝诏书把窦武诛杀，将窦妙搬到南宫云台居住，窦妙的家属都被流放到比景。
窦武虽然被诛杀，但汉灵帝还是念及太后窦妙援立自己为帝的功劳，建宁四年(171年)十月初一日，率领群臣到南宫朝拜太后窦妙，亲自奉献祝寿。黄门令董萌，因此多次为太后窦妙申诉怨忿，汉灵帝一一采纳，供养资奉比以前有所增加。中常侍曹节、王甫疾恨董萌依附帮助太后窦妙，便诬陷他毁谤汉灵帝母亲董氏(董太后)，董萌因罪下狱而死。
忧郁而死——熹平元年(172年)，窦妙的母亲在比景去世，窦妙因母亲的逝去而忧郁成疾，于同年六月初十日(7月18日)病逝。 死后与汉桓帝合葬于宣陵，谥号桓思皇后。