仲卿为了自己的爱情，为了自己和兰芝的幸福生活，面对封建宗法礼教、封建家长专制制度的迫害，一直在勇敢地、一步一步地反抗着。只因为他是一个从小就知书达礼、受过良好的儒家文化教育，成年后又在仕途上进取的封建士子，也因为他还是一个寡母家长哺育大的儿子，他的这种身份和经历，使他的反抗形式与刘兰芝不同罢了。
在故事的开始，他从郡府还家小住。当兰芝向他述说婆媳二人矛盾的缘由及自己遭婆母逼迫的悲苦，并要他为俩人的婚姻爱情做出选择时，我们看到，仲卿并没有像一般懦弱的男子那样，在婆媳矛盾冲突中，采取沉默不作为、或是和稀泥、各打五十大板的和事佬方式，而是毫不犹豫地为保护兰芝、为维护俩人的婚姻爱情前去劝谏母亲、阻止母亲对兰芝的伤害。他对母亲说：“儿已薄禄相，幸复得此妇，结发同枕席，黄泉共为友。共事二三年，始尔未为久，女行无偏斜，何意致不厚？”这段话，他用心理智，方式得体。他先说明自己并不是一个大富大贵之人，而只是一个贫寒的士子，能够娶到刘兰芝这样美丽贤惠、勤劳持家的妻子已是侥幸了；然后又讲他和兰芝情投意合，感情深厚，要一生相伴相随；最后竟反守为攻，指责母亲为什么在兰芝品行无偏斜的情况下，刻薄地对待她？这是多么明确的态度，多么鲜明的情感倾向，又是对专制家长多么有理有节有力的反抗方式？接下去，当焦母粗暴严厉地拒绝他的要求，并用为他再娶美女的条件进行怀柔时，焦仲卿非但没有在焦母的威吓利诱下退缩，反而更进一步抗争到：“今若遣此妇，终老不复娶！”焦仲卿以终身不娶反抗母亲的家长专制，在封建礼教控制下的社会是不“尊亲事孝”的行为，是让自己背上了有违人伦道德的罪名的，也是他在血亲关系中，以个体形式反抗焦母这个专制家长最强有力的手段。这难道不是最直接的，也是极有勇气的反抗吗？我们不能要求生活在东汉末年、读的是“四书”“五经”的焦仲卿，为了维护他和刘兰芝的婚姻爱情，能够采取去诉诸法律的方式，抑或带着兰芝脱离母亲去独立生活。焦仲卿在反抗封建家长破坏他的婚姻爱情时，以个体的、和平理性的方式所能够做的，也只能是直言劝谏、据理力争，直至以终身不娶反击。
当专制、冷漠的焦母失去理智，一意孤行时，焦仲卿转而希望通过暂时的妥协淡化婆媳二人的矛盾：他劝慰兰芝暂且回娘家住一段儿时间，目的是通过分离消除焦母对兰芝的敌视，在没有矛盾冲突的时间延续中使焦母回心转意。焦仲卿的妥协，不是软弱和怯懦，而是为守护俩人婚姻爱情所采取的、既主动又理智现实的行动。
但仲卿、兰芝二人的爱情，不只受到焦母这个专制家长的摧残，继而还受到了同样是专制家长的刘兰芝哥哥的破坏。焦仲卿决没有料到的是，兰芝回到娘家后，专制粗暴的兰芝哥哥不给他们守护爱情的时间，兰芝被逼再嫁。这是他和兰芝都无力控制的事变。他因自己种种努力最终都失败了而绝望，决意一死。在作品中，我们看到，是焦仲卿在面临两个人的婚姻爱情被彻底毁灭的时候，首先向兰芝提出了死的打算。在获得兰芝的认同后，随即回家为自己的死做准备。即使面对焦母的哀求，他也没有改变与兰芝一起做出的选择。
仲卿决意死，首先是为了回报兰芝对他的爱。对于兰芝这样一位美丽、贤惠、善良、多才多艺又能辛勤持家并深深爱着他的妻子，他无力保护她，给她幸福的生活，只有用一死表明自己对她的爱。其次，仲卿选择死，也是对摧残他和兰芝俩人爱情、毁灭俩人幸福生活的封建礼教、封建家长专制制度的强烈反抗。仲卿是个重感情、懂得爱，爱妻子、也爱母亲的青年。他在死前诀别母亲时，所说的那一段凄凉哀恸的话语，鲜明地显示出了他内心深重的血亲伦理情爱。但他在自己与兰芝的美好爱情被毁灭的过程中，清醒地看到了母亲这个集封建礼教、专制暴君于一身的封建家长的冷酷残忍，他决意以死来回应母亲对他和兰芝俩人婚姻爱情的摧残，实质上是向整个封建专制社会、封建宗法礼教做个体式的誓死抗争，以此维护自己的生命尊严，维护自己的美好爱情。这样的反抗，难道还不够勇敢，还不够直接和彻底吗？
一个性格软弱怯懦的人，在强权的压迫、伤害下，会听凭命运的摆布。但焦仲卿不是这样的人。在作品中，他自始至终都在积极勇敢地抗争着，特别是他对死的选择，是做了最终的、不屈和顽强的反抗，可敬可爱、可歌可泣！