名列八厨
延熹九年（166年），牢修诬告李膺等大臣结党营私，于是桓帝震怒下发动了著名的“党锢之祸”，王芬有大名于天下 ，亦在废锢之列。自此正直之人被废除、流放，奸邪之人更加肆无忌惮的纠结在一起，中原大地上清流士人，于是共相标榜，指天下名士，为之称号。上曰“三君”，次曰“八俊”，次曰“八顾”，次曰“八及”，次曰“八厨”，而王芬位列“八厨”之一，厨者，称赞的就是那些能以家财救济世人的名士。
建宁元年（168年），清流领袖太傅陈蕃、大将军窦武被宦官杀害。第二年（169年），灵帝掀起了“第二次党锢之祸”，大肆杀害天下豪杰和儒学行义之人，王芬不得不再度流亡藏匿。前后禁锢长达十九年。
外任刺史
中平元年（184年），黄巾之乱爆发，在中郎将皇甫嵩、中常侍吕强的建议下，汉灵帝废除了对党人的禁锢，一大批忠正之臣重新被起用，王芬也被任命为冀州刺史，前往冀州治理黄巾军根源。到任后，王芬收纳流民，安抚叛乱，治军理政，很快使冀州安定下来。在州四年，民生富饶。
谋废灵帝
中平四年（187年），当时故太傅陈蕃之子陈逸和著名术士青州平原人襄楷都到王芬府上做客，襄楷对两人说：“天象显示不利于宦官，黄门、常侍这回真的要被灭族了。”陈逸大喜。王芬也高兴的说：“如果真的是这样，我愿意为天下人驱除他们。”于是与南阳人许攸、沛国人周旌等人相互交结谋划，连接冀州当地豪杰，谋废灵帝，立合肥侯为帝。
他们先把计划告诉曹操，希望曹操也来匡扶大业，但曹操知道后，写了一封信拒绝了王芬：“这废立皇帝的事，是天下间最不祥的。古代人有权衡成败、计较轻重然后施行的，只有伊尹和霍光。伊尹是心怀至忠的诚意，又据有宰相的权势，位列百官之上，所以废立皇帝，才会计划得成，完成废立。等到了霍光，他先受到了先帝托国的重任，又凭借皇室宗亲的地位，而且内有太后秉政的权重，外有群臣同心的大势，加上昌邑王即位没多久，没有贵重宠幸的人，朝中也缺少同心的官员，他的话只能通过侍从表达，所以霍光计策施行便宜迅速，事情完成就像摧枯立朽。现在各位只见到古人成功的容易，没有看清当前的困难。各位好好想想，你们结众连党，与七王之乱有什么差别？合肥侯的地位，比起吴王刘濞、楚王刘戊怎么样？而且你们现在做的乃是非常之事，希望按照意愿成就大事，不是很危险吗！”