孙贲的父母早亡，弟弟孙辅还是个婴儿，孙贲自己独力抚养弟弟，兄弟俩的感情很深。孙贲起初担任过郡中的督邮、县长之职。中平三年(186年)，孙贲的叔父孙坚在长沙举义兵起事，孙贲辞去官职跟随孙坚征战。初平二年(191年，《三国志·孙破虏讨逆传》误作初平三年)，袁术派孙坚出征荆州攻打刘表。刘表派黄祖迎击孙坚，孙坚击败黄祖，追击黄祖渡过汉水并包围襄阳。孙坚单身匹马登上岘山，被黄祖的军士用箭射杀。孙贲率领将士投奔袁术，袁术上表推荐孙贲为豫州刺史。 孙贲代领孙坚的军队，扶送孙坚的灵柩到曲阿。
后来袁术迁徙到寿春，孙贲又去依附他。袁术的同父庶兄袁绍任用会稽人周昂为九江太守，袁绍与袁术不和睦，袁术派遣孙贲在阴陵打败周昂。袁术上表任命孙贲兼任豫州刺史，又转任丹杨都尉，代理征虏将军，讨伐平定山越。后孙贲被扬州刺史刘繇所逼迫驱逐，就带领将士兵卒回到历阳驻守。建安二年(197年)，袁术再派孙贲与吴景共同攻击樊能、张英等人，未能取胜。等到孙坚之子、孙贲堂弟孙策东渡，援助孙贲和吴景打败张英、樊能等人，于是进击刘繇。刘繇逃往豫章。孙策派孙贲和吴景回到寿春报告袁术，正值袁术称帝，设置百官，于是任命孙贲为九江太守。孙贲不就任，抛弃妻儿返回江东。当时孙策已平定吴郡、会稽两地，孙贲与孙策征讨庐江太守刘勋、江夏太守黄祖，军队凯旋，听说刘繇已经病死，于是路过平定豫章，孙策上表任命孙贲兼任豫章太守，后被封为都亭侯。
建安十三年(208年)，曹操破荆州，威震南土，孙贲心怀畏惧，又因为自己女儿为曹操之子曹彰之妻，便想要把自己的儿子送给曹操当人质以求自保，被朱治说服才作罢 。同年，朝廷使者刘隐奉诏任命孙贲为征虏将军，继续兼任豫章太守。孙贲在任十一年去世，死后其子孙邻继承爵位。