关于《后汉书》的思想价值，清人王鸣盛评曰：“范书贵义德，抑势利，进处士，黜奸雄，论儒学则深美康成(郑玄)，褒党锢则推崇李(膺)、杜(密)，宰相无多述而特表逸民，公卿不见采而特尊独行。”(王鸣盛《十七史商榷》)应当说，这个评价颇为中肯，然“公卿不见采”改为“公卿少见采”可能更恰当，且褒隐逸、尊独行亦未到极端的程度，只不过和其他正史相比较突出罢了。具体说来，《后汉书》有肯定王权秩序、颂扬忠贞名节等儒家正统思想，亦有褒扬避世隐逸、狂狷放达的道家玄学思想，还有对佛教思想的批判等。
宣扬儒家正统思想亦应为《后汉书》的基本内容。《后汉书》中对大部分人物的褒与贬，有一个正统儒家思想的标准：有利于社稷安定、国计民生的忠贞之士，即受褒美;反之，即受贬责。
《后汉书》中褒赞了大量的勤政爱民者。如《循吏列传》中记传卫飒时，赞其人“理恤民事，居官如家，其所施政，莫不合于物宜”;记传王景时，历数其修渠治水、教民耕作蚕织等政绩，赞其勤政爱民;记传王涣时，写其敦儒学，习《尚书》，读律令，清正廉明，善断案，“曲尽情诈，压塞群疑，又能以谲数发佞奸伏……”又如在卓茂、鲁恭、魏霸、刘宽等传记中，赞其治行卓著;杜根、刘陶、李云等传记中，赞其仗义直谏;班超、梁谨等传记中，赞其大智大勇，立功西域……这种赞扬表现了对王权秩序和国计民生的维护。
《后汉书》中还对仗义执节者大加赞美。《党锢列传》中写李膺受陷害，遭党锢之祸时，拒不逃避，曰：“事不辞难，罪不逃刑，臣之节也。吾年已六十，死生有命，去将安之?”从容就死。范滂“少厉清节，为州里所服。举孝廉，光禄四行(敦厚、质朴、逊让、节俭)”，及遭党祸，亦慷慨就死：“其母与之诀，滂白母曰：‘仲博(其弟)孝敬，足以供养。滂从龙舒君归黄泉，存亡各得其所。惟大人割不可忍之恩，勿增感戚。’母曰：‘汝今得与李、杜齐名，死亦何恨!既有令名，复求寿考，可兼得乎?’滂跪受教，再拜而辞。”这是一幅舍生取义、母子诀别的撼人图画。显然，范晔对此是大加赞美的，亦即是对封建忠义的赞美。
与作者对上述记传人物的态度相反，范晔对外戚、宦官的横暴专权、祸国殃民则大加挞伐。东汉中叶，和帝、安帝以后，皇帝都是幼年即位，不能执掌朝纲，于是开始了外戚与宦官争夺王朝统治权的混乱局面。如桓帝与单超、徐璜、具瑗、左悺、唐衡五宦官计议杀了梁翼，五人俱被封为侯。于是，他们居功自傲，把持朝纲，穷奢极欲，祸国殃民。《后汉书》对上述的外戚与宦官们进行了无情的揭露和批判。
综上所述，可见《后汉书》肯定了王道秩序，赞美贤达忠义，鞭挞奸佞邪恶，基本上体现了儒家正统思想观念。其实，这也是它被定为“正史”的根本原因之一。
《后汉书》对佛教与谶纬思想基本上是否定的。在《西域传·论》中，范晔评价佛教说：“详其清心释累之训，空有兼遣之宗，道书之流也。且好仁恶杀，蠲弊崇善，所以贤达君子爱其法焉。然好大不经，奇谲无已，虽邹衍谈天之辩，庄周蜗角之论，尚未足以概其万一。又精灵起灭，因报相寻，若晓而昧者，故通人多惑焉。”指出了佛教的荒诞不经。又，《张衡传》中载其《请禁图谶》一篇，作者以欣赏的口吻叙述了他上疏的情况：“衡以图纬虚妄，非圣人之法，乃上疏曰：‘此皆欺世罔俗，以昧势位……宜收藏图谶，一禁绝之，则朱紫无所眩，典籍无瑕玷矣。’”联系《宋书》本传中亦说范晔“常谓死者神灭，欲著《无鬼论》”，其临死前“语人寄语何仆射：天下决无佛鬼”，亦有助于理解《后汉书》的这一思想倾向。