明后期政治黑暗。神宗在位四十八年，前十年由张居正当国，政治比较清明，内阁也有威权，能够驾驭吏部及众多言官(给事中、御史等官)。但自张居正死后，内阁再无有作为的人物，内阁、吏部、言官各为一派，互相斗争。而皇帝本人又怠于政事，凡三十余年不上朝，几与大臣隔绝，一切章奏皆不答批，谓之留中。尤其晚年，怠荒更甚，官缺也多不补，以致内阁、部院各衙门多空无人，地方官也缺十之六、七。万历二十二年(1594年)，吏部郎中顾宪成罢官，从北京回到家乡无锡。无锡原有东林书院，为宋代杨时讲学之处。顾宪成倡议修复，遂与好友高攀龙、钱一本等讲学其中，并在讲习之余，批评朝政，议论人物。当时不仅那些“抱道忤时”的在野士大夫闻风响附，而且在朝的一般正派官员也遥相应和。于是东林的名声大著，而忌者也多。东林党人的倾向是要求改良政治，反对宦官专权肆恶，反对矿监税使掠夺城市工商业者，反对宗室贵戚无限占田。
如神宗要赐给福王庄田四万顷，东林党人礼部侍郎孙慎行即起而谏阻，说祖宗朝赐田没有过千顷者，并“拼一死”力争。又如东林党人凤阳巡抚李三才一再上疏，责备神宗派遣矿监税使害民，言词非常激烈，说道：陛下爱珠玉，小民也慕温饱;陛下爱孙子，小民也恋妻子。为何陛下欲聚财货，而不使小民享升斗之需!
阉党打击东林党人
天启初年，东林党人布列满朝，分据内阁、吏部、都察院及科(六科)、道(十三道)各部门，一时势力大盛。但是局面不久便翻了过来，变作阉党的天下。宦官魏忠贤与熹宗乳母客氏互相勾结，二人甚得熹宗信任，客氏被封为奉圣夫人，魏忠贤则为司礼秉笔太监，并且提督东厂，魏忠贤的爪牙田尔耕掌锦衣卫事，许显纯掌北镇抚司狱。熹宗深居宫中，政事一听魏忠贤所为。以魏忠贤为首的阉党，即对东林党人进行残酷打击。
天启四年(1624年)，东林党人杨涟首先上疏参劾魏忠贤二十四大罪状。一时群僚响应，交章论魏忠贤不法。天启五年，魏忠贤大举反扑，逮东林党杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章六人下狱，乃借边事加以陷害，诬其曾受杨镐、熊廷弼贿。六人均死于狱中，时称为六君子。天启六年，魏忠贤又兴大狱，逮东林党高攀龙、周顺昌、周起元、缪昌期、李应昇、周宗建、黄尊素七人。高攀龙投水死，其余六人死狱中，时称为后七君子。
魏忠贤党羽又撰《缙绅便览》、《点将录》、《同志录》，提供东林党人名单，按名捕杀斥逐。魏忠贤又命人编纂《三朝要典》，颠倒三案是非，定东林党人王之寀、孙慎行、杨涟为三案罪首。至此，东林党人被杀逐殆尽。魏忠贤总揽内外大权，自内阁、六部至四方总督、巡抚，莫不遍置死党。
朝中官僚为其走狗者，有五虎、五彪、十狗、十孩儿、四十孙等名号。凡内外章奏无敢称魏忠贤名者，均称为“厂臣”。即内阁票旨，也必称“朕与厂臣”。
诸官皆称魏忠贤为九千岁，甚至称为九千九百岁。又浙江巡抚潘汝桢首先为魏忠贤建立生祠于西湖。由是四方效尤，魏忠贤生祠几遍天下。又监生陆万龄请以魏忠贤配孔子，忠贤父配启圣公。其时魏忠贤毒焰之烈可以想见。
崇祯帝继位后，始除掉客氏及魏忠贤，并清洗阉党，但东林党与阉党的斗争仍未停止，直到明朝灭亡。