史书上讲得很清楚，朱棣为报母亲的养育之恩而建。
但具体谁是他的母亲，这里就很有学问了。近来出版的学术著作似乎为此事定了论，“明成祖朱棣为纪念其生母碽妃而建”。如中国古建筑权威潘谷西先生主编的《中国古代建筑史·元明卷》(第四卷)就持有这种观点，不久前笔者去拜访潘先生时，他还是这样说。
但《明史·成祖本纪》(卷5)明确称：“成祖启天弘道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝讳棣，太祖第四子也。母孝慈高皇后。洪武三年，封燕王。”这“孝慈高皇后”就是朱元璋的原配、著名的大脚皇后马秀英，而不是来自朝鲜的碽妃。
这样的记载是负责任的，朱棣生于元至正二十年四月十七(1360年5月2日)，地点在应天(今南京)，其时朱元璋不要说皇帝(1368年才称帝)了，连“王”都不是(1363年击败陈友谅后，次年才称“吴王”)，所以，大报恩寺及塔是朱棣为纪念其生母碽妃而建，有捕风捉影之嫌。
“为纪念其生母碽妃而建”一说，根源于野史。上篇中提到，传说碽妃是冤死的，作为亲生儿子朱棣本人又不能公开张扬，于是借报答母亲的养育之恩之名，建寺、塔纪念她。而这种说法的直接证据都是《南京太常寺志》上的文字，其中所载孝陵神位：“左一位淑妃李氏生懿文太子、秦愍王、晋恭王，右一位碽妃生成祖文皇帝，是皆享于陵殿，掌于祠官，三百年来未之有改者。”但是民间当时另有一说法，朱棣篡位，借“靖难之变”把侄儿朱允炆赶下皇位的一事，朝野上下都有抵触反感情绪，诽谤声音四起。其中有一种声音就是骂朱棣不是马皇后生养的，血统有问题，是杂种，不然不会对亲侄下此狠招。
在这种社会舆论压力下，朱棣一方面进行言论镇压，另一方面做出姿态。为了表明自己是马皇后所生，在迁都北京之际，于永乐十年(公元1412年)大兴土木，建大报恩寺、塔，以感谢马皇后的养育之恩，洗去身上的历史是非。
这种说法为正统学者认可。《金陵大报恩寺塔志》是1937年民国时期的出版物(南京出版社新近再版)，作者是学者张惠衣，书中搜集了各种版本的说法，其中有这样的文字：“永乐十年，北迁，因欲报高皇帝深恩，于六月十五日午时起工，至宣德六年八月初一日完工，共19年。敕工部侍郎黄立恭依大内图式，造九级五色琉璃宝塔一座，曰第一塔，以扬先皇太后之德。”
但历史就是这么回事情，各种说法一多，特别是大家都说碽妃是朱棣生母，事情就复杂了，这个报恩寺塔为谁而建，真相便难辨了。实际上，在朱元璋当皇帝时，工部侍郎黄立恭奏请修葺，但因为国力问题，一直未能动工。这样，一直拖到朱棣迁都北京时，方准。从这里也可以看出，朱棣借建塔“扬先皇太后之德”是有道理的。