那么天京城被攻克后，两人就洪秀全的继承者幼主洪天贵福是否已死的问题，向朝廷打起的笔墨官司，就是二人从此产生了天大矛盾的根源。
天京攻陷后，曾国藩听信众将所言，认定洪秀全之子洪天贵福已死于乱军之中，江南匪焰将熄，于是向朝廷奏报克复金陵，所有悍贼被一网打尽，并特别指出，城破后，伪幼主积薪于宫中，举火*。
不想左宗棠也密上一折，称据金陵逃出难民供出伪幼主洪天贵福于同治六月二十一日由东坝逃至广德，被太平军将领黄文金迎入湖州府城，想借伪幼主名号，召集太平军余众。清政府看到左宗棠奏报后，对曾国藩大为不满。曾国藩平生自认为以诚信为本，假如按左宗棠所言，则无异于欺君罔上。于是曾国藩上折反驳左宗棠，称洪天贵福可能已死而黄文金为纠合太平军余众伪称尚存，这是古来常有之事等。言外之意，左宗棠虚张声势，有邀功请赏之嫌。左宗棠看到此奏后，具疏自辩，洋洋数千言，辞气激愤，指斥曾国藩有欺君之嫌。这下事情可就闹大了，于是两人一时之间你来我往，大打口水战。至此曾左二人的关系彻底破裂，十几年的交情付诸东流。
但同为一代名臣，始终不因个人恩怨而在公务上掣肘对方。曾国藩为左宗棠西征筹饷，始终不遗余力，而且推荐自己最得力的湘军将领刘松山随之西征，左宗棠在陕甘新疆建功立业皆赖此军。当时，有人从西北考察归来，与曾国藩谈及左宗棠治军施政，事事处处雷厉风行，卓见成效。
曾国藩由衷佩服，击案说：“当今西陲的重任，倘若左君一旦卸脱，不仅我难以为继，就算是起胡文忠(胡林翼)于九原，恐怕也接不起这副担子，你说是朝端无两，我认为是天下第一!”左宗棠平定新疆后，清廷拟封左宗棠一等公爵。
然而慈禧太后大耍手腕，说曾国藩克复金陵，仅获封侯，而左在新疆建立功业所依靠的将领刘松山和湘军又是曾国藩所派遣的，于是只封左宗棠一等恪靖伯晋二等侯，以示稍亚于曾国藩。此举不异于在两人脆弱的关系上再砍上一刀。所以左宗棠在晚年，逢人便骂曾国藩，经常是喋喋不休。然而名臣毕竟是名臣，当曾国藩离世时，人们纷纷猜测左宗棠可能不会致祭，然而左宗棠却送来了他的挽联：“知人之明，谋国之忠，自愧不如元辅;同心若金，攻错若石，相欺无负平生。”这是左宗棠对曾国藩和他们两个关系由衷的评价。左宗棠的挽联使我们重新看到了其自身人格的完满，或者，他和曾国藩交恶是两个人共同演出的一段双簧，目的就是让清政府放心，如果真是这样，那真不知道该谁悲哀了。