1856年9月2日，北王韦昌辉、燕王秦日纲在天王洪秀全的授意下，乘着夜色率领数千精兵突袭东王府，结果东王杨秀清及其家属、部众尽遭屠戮。随后北王以搜捕“东党”为名，大杀异己，血洗南京城，约2万余人惨遭屠杀。之后北王韦昌辉也于11月2日被杀，燕王秦日纲亦被处死，史称“天京事变”。
作为“天国”的天王，洪秀全为何不直接下令处罚杨秀清，而是利用各王之间的矛盾生事呢？理由很简单，杨秀清经常被“上帝附体”，一旦“上帝附体”，那么杨秀清就是天国的最高领导人，因为他可以代天父言事，甚至曾经下令杖责洪秀全。众所周知拜上帝会是洪秀全建立的，教义是冯云山创立，为何还会冒出个“上帝附体”呢？
事情还得从头说起，当年洪秀全在广东第三次参加乡试，落榜后在家里生一场大病，病好之后，便说自己是上帝的次子，下凡是来拯救苍生，建立人间的小天堂的。此后洪秀全便与好友冯云山在广东一带传教，但取得进展，于是两人转移到了广西。在广西，两人一下子拉拢起来数千信徒，也就在此时烧炭工杨秀清也加入拜上帝会。
1847年2月，冯云山因在桂平带领会众捣毁庙宇而被捕入狱，洪秀全返回广州组织营救。拜上帝会一时间群龙无首，会众人心动要，甚至有解散的危险。就在此时杨秀清站了出来，他口吐白沫，跌倒在地，之后起身宣布自己是“上帝”，要求会众不要担心，之后萧朝贵也来了个“耶稣附体”，通过两人的努力，从而巩固了拜上帝教。
之后冯云山出狱，与洪秀全返回广西，两人心里最明白知道杨秀清、萧朝贵的伎俩，但鉴于种种原因，还是没有戳破。编者认为至少有四方面的原因：其一，戳破杨、萧二人等于否定拜上帝教；其二，杨、萧二人在当地颇有威望；其三，杨、萧二人确有不凡的才能；其四，杨、萧二人的行为挽救了拜上帝教。
1851年，金田起义后，洪秀全在永安分封诸王，其中杨秀清被封为东王，节制其他诸王，同时担任左辅正军师，统领太平天国全军。在转战过程中，杨秀清又多次借“天父下凡”向全军传达必胜信念，成功地将全军的意志和力量集结起来。
此外杨秀清虽然没读过书，不知兵法，但却对“行阵机宜，山川形势，颇能谙习”，他还制定军律，赏罚有度。当时清朝官方是这样说的，“其法至严，凡有失利取败，违令私财，重则立斩，轻者责降，不敢徇情，略无姑息。有功亦破格升迁，赏不逾时，而桀骜不驯之徒，遂群焉俯首，甘心服役，至身临矢石而不惴，膏涂草野而无悔矣。”
1853年，太平天国定都天京后，杨秀清又组织北伐、西征、东征，巩固了政权。1856年8月，杨秀清指挥太平军攻破江南大营后，他以此为由，再一次“上帝附体”，要求洪秀全把他由“九千岁”加封为“万岁”。洪、杨两人的矛盾达到顶峰，洪秀全遂授意韦昌辉等人诛杀杨秀清。
韦昌辉被杀后，洪秀全出于政治的考虑，将责任全部推卸给韦昌辉，为杨秀清平反，并将第五子洪天佑过继给杨秀清，袭爵幼东王，还将杨秀清被杀的那天定为“东王升天节”。在今天看来，上帝附体、天父下凡，都是骗人的把戏，太平天国毕竟只是一场旧式的农民起义战争，只能依靠宗教来维系，这样的运动必然不会取得胜利。
关于太平天国的评价各说纷纭，最后说一个不太提及的观点。太平天国前后历时十四年，造成江南地区人口的巨大损失，具体数字至今虽无定论，然均一致估计在数千万以上，甚至有人口史学者研究估计约有7330万，这个数字超过了二战。也许述说战争的残酷，才能让人们更加珍爱和平。