在华佗多年的医疗实践中，非常善于区分不同病情和脏腑病位，对症施治，一日，有军吏二人，俱身热头痛，症状相同，但华佗的处方，却大不一样，一用发汗药，一用泻下药，二人颇感奇怪，但服药后均告痊愈，原来华佗诊视后，已知一为表证，用发汗法可解;一为里热证，非泻下难于为治。
华先生治府吏倪寻，头痛身热，则下之，以其外实也，治李延头痛身热，则汗之，以其内实也，盖得外实忌表、内实忌下之秘也，又按内实则湿火上冲，犹地气之郁，正待四散也，外实则积垢中留，犹山闲之水，正待下行也，其患头痛身热同，而治法异者，虽得之仙秘，实本天地之道也，余屡试之，果屡见效。
又有督邮顿某，就医后自觉病已痊愈，但华佗经切脉却告诫说：“君疾虽愈，但元气未复，当静养以待完全康复，切忌房事，不然，将有性命之虑。”其时，顿妻闻知夫病已经痊愈，便从百里外赶来看望。当夜，顿某未能慎戒房事，三日后果病发身亡。
另一患者徐某，因病卧床，华佗前往探视，徐说：“自昨天请医针刺胃管后，便咳嗽不止，心烦而不得安卧。”华佗诊察后，说：“误矣，针刺未及胃管，误中肝脏，若日后饮食渐少，五日后恐不测。”后果如所言而亡。
华佗曾经替广陵太守陈登治病，当时陈登面色赤红心情烦躁，有下属说华佗在这个地方，后来他就命人去请华佗，为他诊治，华佗先请他准备了十几个脸盆。
然后为他诊治结果陈登吐出了几十盆的红头的虫子，为他开了药，说陈登是吃鱼得的这个病，告诉他这个病三年后还会复发，到时候再向他要这种药，这个病就可以根治了，并且临走告诉了华佗家的地址，那年陈登36岁，结果陈登果然三年后旧病复发，并派人依照地址寻找，可是华佗的药童告诉陈登的使者说华佗上山采药还没回来也不知道他什么时候能回来，结果陈登去世的(依据见《三国志·陈登传》)。
在周泰受重伤时，华佗医好他，所以后来有人向曹操推荐华佗时就说：“江东医周泰者乎?”
黄疸病流传较广时，华佗花了三年时间对茵陈蒿的药效作了反复试验，决定用春三月的茵陈蒿嫩叶施治，救治了许多病人。
民间因此而流传一首歌谣：“三月茵陈四月蒿，传于后世切记牢，三月茵陈能治病，五月六月当柴烧”，华佗还以温汤热敷，治疗蝎子螫痛，用青苔炼膏，治疗马蜂螫后的肿痛;用蒜亩大酢治虫病;用紫苏治食鱼蟹中毒;用白前治咳嗽;用黄精补虚劳，如此等等，既简便易行，又收效神速。
华佗还是一名能运用心理疗法治疗疾病的专家。一次，一位太守请他看病，华佗认为经过一次大怒之后，他的病就会好。
于是他接受了许多财物，却不给他好好看病，不久又弃他而去，并留下了封书信骂他，太守大怒，让人去追，他的儿子知道事情的真相，便悄悄拦住了去追赶他的人，太守在极度愤恨之下，吐出了几升的黑血，病很快就好了。