福临因董鄂妃之死，陷入了无法摆脱的困惑之中，心灰意冷到了极点。这时只有佛学理论使他还有所寄托，再萌出家之念。约于九、十月之交，福临决心出家，由茆溪森剃度成了光头天子。十月十五日，茆溪森本师玉林琇奉诏到京，闻其徒已为皇帝剃发，遂大怒，即命众聚柴薪准备烧死茆溪森。玉林琇比茆溪森明智得多，他接近皇帝宣讲佛法，目的是希皇帝以至高无上的权威，发挥护法作用，他决不要皇帝出家而无所依靠。这点他与木陈忞的态度是一致的。因此他劝福临说：“若以世法论，皇上宜永居正位，上以安圣母之心，下以乐万民之业;若以出世法论，皇上宜永作国王帝主，外以护持诸佛正法之轮，内住一切大权菩萨智所住处。”福临听其谏，许蓄发，罢出家之念。茆溪森因以免烧，当月便离京南还。福临虽然不再出家，但精神却再也振作不起来。
福临自亲政伊始，曾雄心勃勃，力图振兴国祚，政治一新，但却力不从心，致使矛盾重重，他已疲惫不堪了。在董鄂妃未薨前，他曾对木陈忞说：“老和尚许朕三十岁来为祝寿，庶或可待。报恩和尚(玉林琇)来祝四十，朕决候他不得矣。”他已自觉骨瘦如柴，体力不支，难以“挨得长久”到四十岁，顶多勉强可以活到三十。他的精神支柱已轰然坍塌，已觉不久于人世，再也无力支撑这座辉煌的帝国大厦了。大概是他不希望最宠幸的太监在他身后伏法，顺治十八年(1661)正月初二，他安排吴良辅出家为僧。这天他亲临悯忠寺观看吴良辅出家仪式。
归来的当晚即染上天花，发起高烧来。他预感病体沉重，势将不支，初六日深夜急召礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙及原内阁学士麻勒吉入养心殿，口授遗诏。王熙、麻勒吉二人退至乾清门下西围屏内，以初七一天的时间撰拟。“凡三次进览，三蒙钦定，日入时始定。”当夜，年仅二十四岁的青年天子便与世长辞了。
福临晏驾后，麻勒吉及侍卫贾卜嘉二人“捧诏奏知皇太后，即宣示诸王贝勒贝子公大臣侍卫等”。遗诏立八岁的皇三子玄烨为皇太子，继帝位，命索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。遗诏实为罪己诏，共罗列十四条罪过，主要是未能遵守祖制渐染汉俗，重用汉官致使满臣无心任事，几乎完全否定了他自己一生中最有光彩的政绩。
至于这是否福临本意，即这十四条是否福临过目批准的已无从知晓。但却留给了后世之疑：遗诏公布前先“奏知皇太后”;遗诏的主要起草者王熙事后对此守口如瓶：“一不以语子弟，世遂莫得而传。”“面奉凭几之言有事关国家大计，与诸大臣再三密议而后决者，公终身不以语人，虽子弟莫得而传也。”
因此，人们有理由说“遗诏本出太后(昭圣皇太后)授意，实为母责其子之言”。但不论怎么说，福临一死，他便被彻底否定了。
福临崩后，梓宫厝于景山寿皇殿。四月十七日，由再次进京的茆溪行森秉炬，举行火化仪式。茆溪森的偈语云：“释迦涅盘，人天齐悟，先帝火化，更进一步。大众会么?寿皇殿前，官马大路。”
火化后宝宫(骨灰罐)安葬于遵化马兰峪，是为孝陵。庙号世祖，谥号章皇帝，后世累有尊谥，至乾隆元年尊谥加为二十二字：体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝。