由于明神宗将近30年不理朝政，朝臣群龙无首，进而分化成了一个个的小集团，这些集团经过一段时间的整合，最终形成了一些势力较大的党，东林党、齐楚浙党，这两大党派由于政见不同争吵，后来逐渐演变为纯粹的权力之争，你说对的我偏要说是错的，你说是错的我偏要说是对的，相互倾轧势同水火。
天启初年，由于东林党人扶植天启帝登基有功，几乎完全把持了朝政，朝中的要害部门被东林人士充斥，齐楚浙党受到打压，心有不甘。这时，一个机会来了，就是大太监魏忠贤掌权，魏忠贤横行跋扈，与东林人士有诸多矛盾。于是齐楚浙党纷纷投靠魏忠贤，希望通过魏忠贤手中的权力打击东林党，从而实现自己把持朝政的目的。于是，他们有了一个响亮的名字——阉党。
阉党其实是齐楚浙党与魏忠贤的政治联合，联合的目的是为了对付一个共同的敌人——东林党。双方终于爆发了一场正面的冲突，也即杨涟、左光斗弹劾魏忠贤当杀之罪，这场斗争的结果是东林党惨败，大批东林党人士被残酷杀害、逮捕下狱和贬为庶民。东林完败，阉党掌握了政权。
然而，仅仅几年以后，新的转机又来了，崇祯皇帝登基，严惩擅权的魏忠贤和阉党，阉党受到残酷打击。应当说，阉党之中还是奸佞比较多，而东林党虽然有不少败类，但是还是正直之士较多。
崇祯之初对阉党大清洗，随即皇帝重新大批启用东林党，东林人士纷纷入阁，充斥朝廷的要害部门，阉党如过街老鼠人人喊打，阉党残余心有不甘，他们蛰伏起来，伺机反扑，重掌朝纲。
真是三十年河东三十年河西，机会又来了，崇祯二年，皇太极亲率八旗大军和蒙古骑兵，共计10万人，绕道蒙古，破塞入关，直取北京。明朝兵部尚书、蓟辽督师袁崇焕进京勤王，由于袁崇焕的诸多错误和失误，加上袁崇焕言行过于不检点，从而引起了崇祯皇帝的怀疑。
比如，袁崇焕尾随清军不进攻，造成了他引导清军来北京的假象，其实他的目的是凭坚城、用大炮;他初次见到崇祯帝时，宣称皇太极要在北京登基，劝说皇帝与皇太极议和，其实他的目的是让崇祯以为敌人过于强大，从而为自己的失职开脱，并且让崇祯同意他进城防守，因为在野外他的部队很有可能打不赢。
但是由于袁崇焕自己的错误，加上朝中大臣的攻讦，崇祯觉得袁崇焕有问题，于是下令将袁崇焕逮捕，暂时关押，等待审理清楚再说。
袁崇焕下狱以后，朝中别有用心的人看到了此案的前景，这是一个扳倒东林党的极好机会。袁崇焕虽然不是东林党，但是与东林党关系密切，多有来往。钱龙锡是东林党的领袖人物，又是内阁大学士，当初崇祯命令彻查阉党逆案，就是钱龙锡一手审理的。阉党对钱龙锡可谓恨之入骨，因此，想要扳倒东林党，就必须扳倒钱龙锡，想要扳倒钱龙锡，突破口就是扳倒袁崇焕。
这时候，一些人开始攻讦袁崇焕杀毛文龙是钱龙锡指使的，一下子使得此案的方向大变。原来单纯的审理袁崇焕的问题，现在变成了对朝廷中一个结党营私、迫害政敌的大案的审理。崇祯的态度也变了，他的注意力集中在了袁崇焕杀毛文龙这一案件的性质上而不是案子经过与对错上。
阉党残余和觊觎内阁首辅位置的温体仁、周延儒开始大肆行动，他们不断伪造证据、颠倒黑白、混淆视听，不断攻击袁崇焕。钱龙锡主动辞职以图洗清自己，钱龙锡去职。
不断的黑材料使得崇祯皇帝开始确信，袁崇焕和钱龙锡确实是结党了，一件事更加坚定了崇祯皇帝的看法，那就是袁崇焕在牢中坚称自己和钱龙锡没有半点关系，在崇祯看来，袁崇焕这番言论就是结党的表现：拼死保护自己死党中的其他人。
于是，一个结党营私、迫害异己、残害忠良的奸党在崇祯的脑海里成型了：东林党勾结袁崇焕，杀害毛文龙，卖米给蒙古，引敌人入关，妄图逼迫皇帝结城下之盟，在后金军队面前避战等等。。种种劣迹。
崇祯认定，袁崇焕与钱龙锡等人都是奸党，东林党很多人不可再用。
崇祯皇帝已经动了杀心，加上袁崇焕确实有错，他又和崇祯的性格相互抵触，崇祯下令将结党营私、奸邪误国的袁崇焕凌迟处死。罪名是付托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散，及兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城，钱龙锡关入监狱，择日斩首。
钱龙锡这时候上了一道奏章，奏章中咬了袁崇焕。崇祯皇帝这才如梦初醒，明白钱龙锡和袁崇焕没有结党，但是大错已经铸成，袁崇焕已经死了。
袁崇焕从下狱到被杀9个月，这期间，惨烈的政治斗争，东林党人内阁纷纷下台，阉党重新秉政。各个部门重新洗牌。温体仁、周延儒入阁，成基命等人去职。
阉党重新掌握朝纲，打败了东林内阁，握住了权柄，华丽翻身，当然了，代价是袁崇焕等爱国将领的粉身碎骨。
袁崇焕案件是崇祯朝历史上一个转折点，此案背后是极为复杂的政治斗争，袁崇焕被杀标志着崇祯新政结束，中兴之梦破灭，大明王朝气数将尽。
之所以这样说，并不是在说，东林党代表正义，阉党代表邪恶，不是这个意思。
此案表明，明朝末年的政治斗争已经完全不以事实和道德为依据，演变为抛弃一切仁义道德、不择手段的打击政敌。任何企图为国家为民族奋斗的爱国志士在这样的政治环境中都会被碾压的粉碎。明朝的忠臣良将在无休止的的黑暗的朝廷纷争中耗尽鲜血，国家最终覆灭。
袁崇焕的惨死表明了晚明政治的极端黑暗和腐败。