嘉庆四年(1799年)正月初三，一个预料中的事件终于发生了。太上皇乾隆走完了他的人生历程，以89岁高龄病逝于养心殿，从而结束了乾隆时代。
对于这位十全老人的安详去世，朝野官员和平民百姓的反应是平静的，而对于嘉庆来说，心情自然是很矛盾：一方面，作为一个孝子，丧父毕竟是不幸的;另一方面，作为一个嗣皇帝，可从此得以亲征，放开手脚去施展抱负，这无疑又是不幸中的大幸。
乾隆病逝的第二天，嘉庆便夺去了和珅军机大臣和九门提督两职，只命他和福长安一道为乾隆守灵。与此同时，嘉庆以上谕的形式，对乾隆年间的历史功绩进行了盖棺定论，而实际上是揭露和珅专权下的种种积习流弊，无疑是对和珅的棒喝。
再结合当日剥夺和珅官职的迹象来看，明眼人一下就看出了嘉庆有意拿和珅开刀。给事中王孙念和御史广兴等纷纷上奏弹劾和珅的种种不法行为。
据记录，当时参与除掉和珅的只有几个人，而刘墉则是其中之一。又据《随园诗话补遗批语》称，乾隆为太上皇时，刘墉不敢与和珅正面交锋，太上皇死后，刘墉“从而排挤之”。
刘墉与和珅的关系向来是关注的焦点，人们总是习惯于把二人的关系描述为忠奸对立、水火不容。的确，刘墉并不依附和珅，而基本上采取的是独善其身的做法。朝鲜书状官徐有闻说：“和珅专权数十年，内外诸臣，无不趋走，惟王杰、刘墉、董诰、朱珪、纪昀、铁保、王保等诸人，终不依附。”
刘墉自从外官任上入京以后，他首先调整了自己的为官处事策略，变刚直方正为滑稽模棱，所以他不太可能和权势遮天的和珅针锋相对的对抗。不过值得注意的是，当乾隆帝去世以后，已经是体仁阁大学士的刘墉积极参与了对和珅的处理，在其中发挥了重要的作用。
在嘉庆决定要处理和珅的前期，各省督抚中，从前与和珅关系密切者巴不得赶快与之脱去干系，看不惯和珅所为者更是随声而起讨伐，纷纷要求将和珅凌迟处死。如直隶总督胡季堂上奏说：“和珅丧尽天良，非复人类，种种悖逆不臣，蠱国病民，贪渎放荡，真一无耻小人，丧心病狂，目无君上，请依大逆律凌迟处死。”虽然有些夸张，但处死和珅的建议颇为嘉庆认同。
在和珅大局已定的情况下，下嫁和珅之子丰绅殷德的和硕十公主，涕泣着向自己的十五哥请求为和珅保全肢体，屡次恳请嘉庆都没有答应。
刘墉和董诰乘机进言，认为和珅罪大恶极，虽千刀万剐犹属轻罚，然而他曾是先朝重臣，不得不为先帝留下面子，恳请嘉庆赐于自尽，保全其尸。嘉庆采纳了刘墉的建议，对量刑做了一些变通，随后下达上谕，赐和珅自尽。
为了防止有人借和珅案打击报复，避免案件扩大化，刘墉等人又及时向嘉庆建言，妥善做好善后事宜。结果在处死和珅的第二天，嘉庆帝发布上谕，申明和珅一案已经办结，借以安抚人心。
和珅之案结束后，刘墉授赠太子太保，可见嘉庆对他的肯定。和珅之案的处理，颇得时人的称赞。由此可见，刘墉对和珅生前虽有大不满，却也未因公务而泄私愤，而是充分体现了一位群臣领袖应有的风范。
所以，九泉之下的和珅，应该要感谢这位昔日的老对手刘墉，即便是十公主那样尊贵的人都没能说服嘉庆，反倒是刘墉为他保全了全尸。