在明代历史中，神宗经常被过度地描写成一个荒唐、好色、懒散的皇帝。从万历三大征看来，神宗绝不是一个平庸的皇帝。虽然，我们可以说他是好大喜功，但是不要忘了，他在给朝鲜国王的信中始终强调朝鲜要力求自保的事实。
实际上，神宗对于每一次军事行动，似乎都充分认识到其重要性。而且，在战争过程中对于前线将领的充分信任、对于指挥失误的将领的坚决撤换，都显示了神宗的胆略。当然，神宗的荒怠、好色，也是不容否认的。晚年的神宗，对于朝政的兴趣，显然没有对敛财的兴趣浓厚。
在他亲政的后20年，他基本上是一个不理朝政的皇帝。因此，万历后期朝政的混乱，直接导致了万历四十七年(1619)明朝军队在与努尔哈赤军队的萨尔浒一战中丧师10万，从而丧失了明军对后金军队的优势，间接导致了明代最终被清朝取代的结局。
孟森在他的《明清史讲义》内称神宗晚期为“醉梦之期”，并说此期神宗的特点是“怠于临朝，勇于敛财，不郊不庙不朝者三十年，与外廷隔绝”。那么，神宗是什么时候从一个立志有为的皇帝变成一个荒怠的皇帝呢?又是什么东西让皇帝堕落得如此厉害呢?
虽然，按照晚明的一位名士夏允彝的说法，神宗怠于临朝的原因，先是因为宠幸郑贵妃，后是因为厌恶大臣之间的朋党斗争。但是，学者们也以为，神宗之怠于临朝，还因为他的身体虚弱的原因。当然，身体虚弱的背后，是酒色财气的过度。
万历十七年(1589)十二月，大理寺左评事雒于仁上了一疏，疏中批评神宗纵情于酒、色、财、气，并献“四箴”。对皇帝私生活这样干涉，使神宗非常恼怒。幸好首辅大学士申时行婉转开导，说皇帝如果要处置雒于仁，无疑是承认雒于仁的批评是确有其事，外面的臣民会信以为真的。最后，雒于仁被革职为民。在处理这件事的过程中，神宗曾召见申时行等人于毓德宫中，“自辨甚悉”。
神宗对内阁大学士们说：“他说朕好酒，谁人不饮酒?……又说朕好色，偏宠贵妃郑氏。朕只因郑氏勤劳，朕每至一宫，她必相随。朝夕间她独小心侍奉，委的勤劳。……朕为天子，富有四海之内，普天之下，莫非王土，天下之财皆朕之财。……人孰无气，且如先生每也有僮仆家人，难道更不责治?”看来，神宗根本不承认雒于仁的批评。的确，明末社会好酒成风。清初的学者张履祥记载了明代晚期朝廷上下好酒之习：“朝廷不榷酒酤，民得自造。又无群饮之禁，至于今日，流滥已极。……饮者率数升，定陵出土的皇后凤冠
能者无量。……饮酒或终日夜。朝野上下，恒舞酣歌。”意思是说，明代后期对于酒不实行专卖制度，所以民间可以自己制造酒，又不禁止群饮，饮酒成风。喝酒少的能喝几升，多的无限量，日夜不止，朝野上下都是如此。神宗的好酒，不过是这种饮酒之风的体现罢了。神宗在17岁的时候，曾经因为醉酒杖责冯保的义子，差点被慈圣太后废掉帝位。
这件事他倒是承认。至于说到好色，神宗虽然似乎不及他的祖父，但却一点也不逊色于他的父亲。他在万历十年(1582)的三月，就曾效仿他的祖父世宗的做法，在民间大选嫔妃，一天就娶了“九嫔”。
而且，神宗竟然还玩起同性恋的勾当，即玩弄女色的同时，还玩弄小太监。当时宫中有10个长得很俊的太监，就是专门“给事御前，或承恩与上同卧起”，号称“十俊”。所以，雒于仁的奏疏中有“幸十俊以开骗门”的批评。这一点，神宗与当初荒唐的武宗有一点类似。至于贪财一事，神宗在明代诸帝中可谓最有名了。他在亲政以后，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。为了掠夺钱财，他派出矿监、税监，到各地四处搜括。