不管太宗如何在文治武功上谋求超越太祖的地位，但终太宗一朝，却始终无法摆脱太祖的阴影。太宗继位之后，面对的一个头疼问题就是如何对待此后的皇位继承。按照“金匮之盟”的约定，廷美是皇位第一继承人，并由廷美传回太祖之子德昭。这是太宗所不愿意看到的。自古帝王传承多为父死子继，太宗也不例外。为此，太宗绞尽脑汁，力图一一排除传子过程中的障碍，走过了一段充满风波曲折的历程。
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所谓的金匮之盟可能是太宗、赵普捏造出来的，虽然一时能掩人耳目，但最终限制了太宗传子的愿望。这还得靠太宗和赵普自己解开这道难题。在此过程中，太宗逼死弟弟和侄儿，逼疯长子，其间的无奈、痛苦也许他再也不愿重受一遍。
赵普在太宗定储一事中扮演了极为特殊的角色。太宗曾以传国之事询问赵普的意见。赵普一生读书不多，但好读《论语》，并从中学到一些治国之道。他曾对太宗说：“臣平生所知，诚不出此(指《论语》)。昔以其半辅太祖定天下，今欲以其半辅陛下致太平。”因此以“以半部《论语》治天下”而闻名于世。
赵普在太祖时代以佐命元臣之身份在中枢机构执政达10年之久，与太祖私交甚好，被其视为左右手。太祖时代的一系列重大事件如陈桥兵变、杯酒释兵权、制定统一战略等事上，赵普都发挥了相当重要的作用。赵普的权势甚至一度在晋王光义之上。他还反对过太祖传位晋王光义的意图。因此，他与太宗的关系极为微妙。
太宗继位后，赵普的地位已远远不及太祖时代，颇受压抑和冷漠。太宗要维护自己的权力，对赵普这样的太祖旧臣自然心存猜忌，何况两人还曾是政敌呢。然而，赵普是开国元勋，太宗要安抚人心，自然需要利用这样的元老重臣装点门面，所以对赵普在表面上还是客客气气。赵普沉浮宦海几十年，深知一朝天子一朝臣的道理，在身家性命随时有危险的情况下，政治态度自然会发生一些变化。于是，当太宗向他询问传任廷美之事时，赵普心知太宗心意，便说：“自古帝王传位乃是父传子，当年太祖已误，陛下今日还要再错吗?”这句话大获太宗赏识，坚定了太宗传子的信心。此后，赵普在太宗传位的过程中扮演了极其重要的角色。
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太祖去世后，还留有两个儿子德昭和德芳。太宗继位之初，德昭封为节度使和郡王。太宗征辽时，德昭从征幽州。高梁河之战，宋军惨败赵德昭像，太宗只身逃脱，不知所踪。这时有人商议立德昭为帝。后来，太宗生还，此事便作罢。班师回京后，太宗以此次北伐不利，便很久不行此前平定北汉之赏，将士们不免议论纷纷。德昭便为将士们请赏，认为即使与辽作战失败了，还是应该赏赐平北汉有功的将领。太宗听后很不高兴，就说：“待你做了皇帝再赏赐也不迟。”此言一出，德昭惶恐万分，低头垂泪，默然而出。
德昭所处地位本就微妙，而叔父那番话分明又是怀疑他有夺位之心，日后难全其身，又思及父母早亡，兄弟二人不得保，满腹心事竟无处诉说，顿生短念，回来后便自刎身亡。据记载，太宗得知此事后又惊又悔，赶过来抱尸痛哭：“痴儿何至此邪!”下令厚葬，追封魏王。德昭死时年仅29岁。两年以后，德芳又不明不白地死去，年仅23岁。于是，太宗皇位继承的两大“隐患”被消除了。
赵普借卢多逊交通秦王案，既打击了政敌卢多逊，又讨好了太宗，一箭双雕。但廷美的悲惨命运还没到头。赵普更进一步，他挑唆开封知府李符落井下石，上言说廷美不思改过，反多怨望。于是，廷美被降为涪陵县公，安置到房州。太宗命人严加监管。廷美气愤难平，两年后便死在房州，年仅38岁。顺便提及的是，李符并没有得到什么好处。赵普怕他泄漏秘密，后来找了一个别的茬儿，将他贬到地方做了一个小官。
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廷美死后，太宗对外称廷美乃是乳母陈国夫人耿氏的儿子，并非杜太后所生，这样就彻底地将廷美排除在皇位继承系统之外。当时，杜太后早已去世，太宗兄弟也只剩下他一人，太宗所言无人能够反驳。因此，廷美到底是谁的儿子，恐怕也只有太宗自己最清楚了。
经过上述种种手段，太宗终于清除了将皇位传给儿子的障碍。不过，太宗对皇位继承人的挑选却并非一帆风顺，也颇多曲折。
太宗长子元佐自幼聪明机警，长得又像太宗，颇为太宗喜欢。元佐有武艺，善骑射，还曾经随太宗出征过太原、幽蓟。
太宗迫害廷美时，元佐颇为不满，力加营救，请免其罪，但未能成功。后廷美死于房州，元佐得知此事，悲愤成疾，竟然发狂。左右仆从若有小错，元佐即以刀棒伤人。太宗命太医治理，才稍有好转。
然而，雍熙二年(985)重阳节，太宗召集几个儿子在宫苑中设宴饮酒作乐，因元佐病未痊愈，就没有派人请他。散宴后，陈王元佑去看望元佐。元佐得知设宴一事，说：“汝等与至尊宴射，而我不预焉，是为君父所弃也。”忿气难平，一个劲喝酒。到了半夜，索性放了一把火焚烧宫院。一时间，殿阁亭台，烟雾滚滚，火光冲天。太宗得知后，猜想可能是元佐所为，便命人查问，元佐具实以对。太宗怒不可遏，欲绝父子之情。众人营救不得，元佐被废为庶人。有人说元佐是在装狂，以表示对父亲的不满和对皇位的拒绝。
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太宗去世后，其妻李皇后曾打算立元佐为帝，但元佐并不知情，所以未受牵连。元佐的同母弟真宗即位后对元佐很好，努力帮他治病，只是元佐在其弟做了皇帝后，终身未见他。元佐死于仁宗天圣五年(1027)，享年62岁。在真宗即位后，元佐竟能安享富贵达30年之久，真是幸运。
在元佐焚宫这件事中，有一特殊人物，即陈王元佑。宴会后，元佑去元佐府中，不知说了什么竟惹得元佐纵火焚宫，而后太宗认为元佐宫中起火并非偶然，决意废元佐为庶人，元佑是否对太宗说过什么，也难以查明。雍熙三年七月，元佑改名元僖，并封开封尹兼侍中，成了准皇储。