1187年，朱熹出任江南西路提点刑狱公事，几年后受当时南宋宰相赵汝愚推荐，当上焕章阁侍制兼侍讲，即皇帝的顾问和老师。即位不久的南宋宁宗全面肯定了理学，称朱为“儒宗”，充分反映了偏安江南的南宋朝廷企图以理学加强内部团结的愿望。
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宋宁宗时的权臣韩侂胄由于结党营私，骄奢淫逸，为“灭人欲”的理学家所鄙视。随着庆元元年支持理学的赵汝愚被罢相，韩侂胄等趁机发动了一场抨击“理学”的运动，斥理学为“伪学”。宁宗也一改旧态，将朱熹逐出朝廷，下诏命凡荐举为官，一律不取“伪学”之士。大小官员在写述职报告时，还要多加上一句“不是伪学党中人”，历史上称为“庆元党禁”。
监察御史沈继祖弹劾朱熹，罗列朱熹十大罪状中包括“诱引尼姑二人以为宠妾，每之官则与之偕行”，“家妇不夫而孕”。指控朱熹贪色好淫，曾经引诱两个尼姑作宠妾，出去做官时还带在身边招摇过市。他家中的儿媳则在丈夫死后还怀上身孕，有了“公公扒灰”的可疑。这对提倡“存天理，灭人欲”和“三纲五常”的朱熹来说，简直是置于人格死地的重磅炸弹。
庆元六年三月初九，71岁的朱熹终于在建阳家中忧愤而死。临死还在修改《大学诚意章》，可见他是如何矢志于树立自己的理学，然而生前终未如愿。
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使朱熹得以翻身如愿，并名扬天下的则是南宋权臣史弥远。史弥远，字同叔，明州鄞县(今宁波鄞州)人，淳熙十四年进士。开禧三年﹐韩侂胄北伐失败﹐金朝来索主谋，时任礼部侍郎的史弥远串通杨皇后杀死韩侂胄，送其首级与金人请和，史弥远因此取代韩侂胄升任右丞相兼枢密使，分别在宁宗朝独相17年、理宗朝独相9年，共执掌南宋朝政长达26年之久。
为了更好地巩固自己的地位，运用理学为宋王朝服务，史弥远取代韩侂胄担任丞相后，不但恢复了支持理学的赵汝愚、吕祖谦等人的官职，还召林大中、楼钥等15位故老入朝。同时，恢复了理学的地位，下令雕版印行朱熹的著作。由于史弥远的拨乱反正，使本已奄奄一息的朱熹理学，成了元明清三朝的官方哲学。元朝皇庆二年复科举，诏定以朱熹《四书集注》试士子，朱学定为科场程式。朱元璋洪武二年正式确定科举以朱熹的“传注为宗”，作为科举考试评卷的标准答案。
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史弥远一直得到宋宁宗、理宗的信任，封官加爵不已，绍定六年病死，追封卫王，谥忠献，归葬故乡东钱湖。今日宁波东钱湖仍存史弥远墓葬遗址。