早在奕回京之前，两宫太后与肃顺等人发生矛盾的信息已经通过各种渠道传到了北京。在奕的授意下，“北京派”的重要人物、内阁大学士周祖培首先采取了行动，他是三朝老臣，名望甚高，但和肃顺的矛盾极深。
清朝的时候，中央六部设立满汉双尚书制，当时肃顺和周祖培曾在户部分任满汉尚书。周祖培学识渊博，而且比肃顺年长20多岁，但肃顺为人专横，根本就不把周祖培这个汉尚书放在眼里，还时不时地对周祖培进行讽刺挖苦、排挤打击。有一次，部里文件已经由周祖培批阅过了，肃顺装作不知道，故意问:“这是谁批的啊?”办事的人低声说:“周中堂批过了。”肃顺鼻子一哼，骂道:“呸!不过是一帮吃干饭的混混，哪里懂什么公事?!”说完，肃顺竟然拿起笔就把周祖培的画诺全部钩掉。周祖培受此奇耻大辱，但慑于肃顺的淫威而不敢表露，最后被逼得没办法，只好请辞户部尚书这个有权有利的大肥缺而甘任有名无实的内阁大学士。
君子报仇，十年不晚。在得知了慈禧和奕的用意后，周祖培决定要抓住这次机会，将肃顺等人扳倒。他首先授意自己的得意门生，时任山东道监察御使的董元醇写一篇《奏请皇太后权理朝政并另简亲王辅政》的奏折，吹响了政变的第一声号角。
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董元醇在奏折中提出两点极为重要的建议:一是皇帝年幼，国家又在危难中，皇太后应该出来权理朝政，左右不得干预;二是从亲王中简派一二人辅政，防止皇权旁落。
董元醇只是颗小棋子，这个奏折也只是棋局的开始而已。奏折意思很明显，就是为慈禧太后垂帘听政和恭亲王辅政造势，并以此来试探一下八大臣的态度。果不其然，董元醇的奏折到达热河后，就像是投下了一枚重磅炸弹，将两派政治力量的矛盾完全暴露无遗。
八大臣看过董元醇的奏折后，暴跳如雷:这等于是把权力从八大臣手里剥夺，转移到太后和亲王的手中，完全是和咸丰的遗诏对着干，和八大臣对着干!难道这个董元醇吃了豹子胆了，竟然敢置清朝祖制而不顾，自个把脑袋往阎王爷那里送?要知道，清朝历来严禁后妃、太监乃至亲王干政，敢在奏折中公开提议让太后垂帘听政和亲王辅政，这岂不是找死吗?是可忍，孰不可忍!
令肃顺等人感到震惊的是，董元醇这个公然违抗先帝遗诏的折子竟然被慈禧“留中不发”。八大臣心急火燎，他们立刻责成某军机章京拟定批驳董元醇奏折的谕旨，但初稿拟好后，八大臣之一的焦佑瀛觉得此稿语气平和，言辞不够激烈，于是便自己亲自捉刀写了一篇，其中对董元醇请求“皇太后垂帘听政和亲王参政”的建议用八个字大加批驳，即“是诚何心，尤不可行”，并要求对董元醇严加惩处。其他七大臣读后，交口称赞，不料此稿上去后，慈禧不予理会，仍旧将折子“留中不发”。
慈禧当时很冷静，她有意将董元醇的奏折“留中不发”，既表示对这个奏折的重视，又以此来试探一下八大臣的反应。果然，八大臣坐不住了，他们竟然不顾君臣礼节，向两宫太后反复催要。
被逼无奈之下，两宫太后抱着小皇帝，在八月十一日召见了八大臣，并要求将董元醇的奏章交由群臣共商。八大臣当然不是傻子，岂肯轻易答应!随即，两宫太后和八大臣展开激烈的论辩，只见郑亲王端华满面怒容，言辞激烈，根本不把两宫太后放在眼里;军机大臣杜翰出言不逊，公然顶撞，口口声声称不能奉命;肃顺更是含讥带讽，轻蔑有加，称两宫太后不过是内宫中侍奉皇帝的女子，怎懂得什么军国大事?!
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可以想象当时的场面是何等的紧张。两个女人怎能说得过八个男人，她们每说出一句话，八大臣便用八句话盖过她们细小的声音。在偌大的殿堂中，八个壮硕男人声震殿瓦的咆哮声，把6岁的小皇帝载淳吓得哇哇直哭，一头钻进慈安太后的怀里，裤子都尿湿了。搞笑的是，小皇帝这时找的不是亲生母亲慈禧太后，而是慈安太后!
最后，肃顺等人干脆拂袖而去，并公然宣称:“今后请太后看奏章已经是多余了!”慈安和慈禧两个人当下就被气得两手发颤，浑身发抖，眼泪哗哗直流。
第二天，八大臣更加变本加厉，他们不等宣召便直接入宫和两宫太后大吵大闹，要求下发批驳董元醇的谕旨。在要求被拒绝后，八大臣就以“搁车”(罢工)相威胁——既不处理奏章，也不向太后移交。这一天，两宫太后发下文件，怡亲王载垣将之丢在一边，说:“不定是谁来看呢!”
八大臣这种让朝政瘫痪的过分做法，历朝历代都从没发生过，这实际上已经构成了严重的政治事件，也为他们最后被惩杀埋下了伏笔。
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在慈禧的眼里，八大臣至多不过是辅弼朝政的臣子，最高权力仍旧掌握在小皇帝之手;而在皇帝年龄尚小、不能亲政的时候，自然应当由两宫太后代为掌握。但肃顺等人却认为，他们是受先帝咸丰之命全权辅弼小皇帝的，先帝遗诏具有不可动摇的合法性和权威性，他们只对小皇帝负责而不必顾及他人，只要军国大事处理妥当，即无愧于先帝的托孤重任，谁要是反对这一制度安排，谁就是反对遗诏，反对先帝。
时间一分一秒地过去，双方一直僵持着，八大臣沉着脸，任由僚属将文件送进而绝不拆阅，任凭两宫太后催要也毫不理会。他们就是要用这个手段来向两宫太后表明:朝政实际上掌握在八大臣的手中，两宫太后和小皇帝只不过是象征性的;要是不听从他们安排的话，国家机器就别想运转下去。