锦衣卫有名为“锦衣亲军都指挥使司”，起初为朱元璋设立的“拱卫司”，后改为“亲军都尉府”，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫。洪武十五年(1382年)，裁撤亲军都尉府与仪鸾司，改置锦衣卫。作为皇帝侍卫的军事机构，下设指挥使，指挥同知、指挥佥事、南北镇抚司镇抚、千户五职，皇帝任命自己心腹出任指挥使。朱元璋为了加强中央集权统治，令其掌管刑狱，并且赋予了巡察缉捕之权。
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朱元璋一手做出来的的“胡党”谋逆案件，使得丞相这个古老的官名在历史长河中彻底消失，也使皇权统治在明朝达到了巅峰时刻。胡惟庸在杨宪死后，“以曲谨当上意”，更加看重了，从此更加不把汪广洋放在眼里。朱元璋最后实在忍受不了汪广洋的碌碌无为，让你压制杨宪，你却反被赶出京师，叫你主持政务，你有把活儿都推给胡惟庸，我还用你干什么?借此为由罢免调离了汪广洋右丞相的职务，让他去广东行省当参政，继而让胡惟庸以中书左丞的职务把中书省的职务都担当起来。
胡惟庸根本没有把汪广洋放在眼里，李善长虽然离开了宰相位置，但在朝堂上的影响力没有丝毫减退，要想搞好朝政，就必须和李善长打好关系，他极力结交李善长，之后使自己的侄女与李善长的侄子就商定婚姻，结为亲戚。在朝堂上得心应手，胡惟庸这个新的右丞相就变成了独相。随着权势的增大，此公日益纵横跋扈。之后胡惟庸不能接受的朱元璋削弱自己的相权，与其坐以待毙，不如起而争之，反正都是个死，干脆铤而走险，开始谋逆。
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在新的通政使司的横空出世，正是朱元璋开始在制度上削弱相权的开始。明承元制，所有奏章都先由中书省处理，若是大事，再交于皇帝裁决。这就是宰相制度最大的权力所在，也是朱元璋最不能容忍这个制度存在的根本原因。继而逐步开始设立军事机构，任命自己的心腹开始调查，加强中央集权。
锦衣卫随驾出行，最初只是皇家的仪仗队，日后却慢慢演变为一个令人闻风丧胆的特务机构。锦衣卫建立前的仪鸾司只是替皇帝管理仪仗的普通侍卫机构，改为锦衣卫后，权力增大。锦衣卫除拥有众多特权外，还拥有大量田地。直到成化年间，他们的权势地位才逐渐削弱。除了拥有侍卫职权外，还有权巡察缉捕和审理诏狱。
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锦衣卫属下的镇抚司承办由皇帝命令查办的案件。锦衣卫对待犯人十分残酷。据明史记载，锦衣卫常用的刑具有18套，夹棍、脑箍、拦马棍、钉指等等都包括其内。相对于杖刑、夹棍等刑罚，厂卫不常使用的几大酷刑可就令世人不寒而栗，在几大酷刑中，刷洗、油煎、灌毒药、站重枷能把人折磨得死去活来，生不如死。廷杖为其中一种，初期杖满即停刑，后期直到打死为止。这种对犯人严刑逼供，致使民情激愤、怨声载道。致使朱元璋不得不下令焚毁锦衣卫刑具，所押囚犯转交刑部审理;同时下令内外狱全部归三法司审理，将锦衣卫废除。后来在明成祖时期，锦衣卫又得以恢复，并由北镇司专门处理诏狱。