乾隆皇帝六下江南的首站，就入住南京毗卢禅寺，对外身份龙四爷。
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乾隆选择毗卢禅寺为首站，是为了会见童时伴驾四品武官护卫、后为毗卢禅寺方丈的法空长老。法空长老时年已百岁，为江南著名高僧。乾隆在毗卢寺西禅院处理国务，坐禅堂与法空畅谈国事和佛事，入藏经楼阅永乐大典，微服私访夫子庙，时间七日之久。离开毗卢禅寺后，才亮明帝身，接受文武官员迎驾朝拜。百余年间，毗卢禅寺因此香火鼎盛。
太平天国时期，毗连天王府的毗卢寺，寺灭僧失。光绪十年，两江总督曾国荃重建毗卢寺。湘军捐巨资从恒山运来香木，建造大雄宝殿，工匠用明城砖砌庙墙。
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曾国荃邀请福建世家雕刻佛像，江南名人撰写楹联，礼海峰和尚为毗卢禅寺方丈。曾国荃还敬赠荷花缸，亲书铭文于缸沿，贺毗卢禅寺复建圆满。自此，毗卢寺东起清西河，西至大悲巷，北接太平桥，南至汉府街，成为南京第一大寺。
光绪二十九年，毗卢寺方丈印魁长老依教修证，金陵毗卢派法脉诞生，毗卢禅寺加冕祖庭称号，大江南北法脉传遍，现在东北营口楞严寺还延续这一法脉。印魁长老晚年驻锡家乡涞水高明寺，其高徒为一代高僧淡虚。
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淡虚与太虚大师、虚云老和尚被称为“民国三虚”，为“人间佛教”创始人，对近代佛教影响深远。