大明的历史，几乎是与黄河水患不断斗争的历史。从朱元璋的洪武元年（1368年），一直到嘉靖四十四年（1565年），近两百年的时间里，黄河决口竟然有五十七次之多，平均不到四年一次的河患，给沿岸的百姓带来难以想象的灾难。嘉靖后期，黄河的治理终于有了显著成绩，而负责这项工作的人就是潘季驯。
嘉靖四十四年和隆庆五年，潘季驯两次总理河道。这期间他不辞辛劳，千里奔波，深入工地，不顾个人安危，与役夫一起劳作，率领民众堵口、筑堤、修堤，黄河治理初见成效。
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万历五年（1577年），潘季驯第三次总理河道。有了前两次经验，又经过认真勘查，他总结出一套治黄、淮的治理方针，提出“以河治河，以水攻沙”的八字策略。其中的“以河治河”，便是通过对淮河的筑堤束水，再利用淮水对抗黄河的大量积沙，达到疏浚、治理黄河的目的。然而，淮水弱于黄河，想要“束水攻沙”就必须大筑高家堰，从而将淮水蓄到洪泽湖内，再从清口全部放出，如此以增强淮水冲沙的力量。潘季驯将自己的治河策略上报，饱受河患问题困扰的万历皇帝此时却犹豫不决了。
因为，在洪泽湖西畔的淮河入湖处，坐落着明代第一陵——明祖陵，这是朱元璋为其高祖、曾祖、祖父修建的陵寝，是太祖认定的一块风水宝地。若依潘季驯言加高加长高家堰，淮水蓄入洪泽湖内，抬高其水位，带来的必然结果就是明祖陵被水淹没。把祖宗的陵墓都给淹了？这不是触犯了龙鳞？
一边是因河患饱受涂炭的百姓，一边是保佑大明江山的祖陵，该如何抉择？万历皇帝苦苦思索着，若是淹了祖陵，黄泉之下如何面对自己的祖先？最终，万历皇帝下令，高家堰大堤只许整固，不可加高，其余的工程措施全权交给潘季驯。
于是，一些潘季驯创造发明的遥堤、缕堤、月堤等堤防工程体系在黄河边相继筑起，而具有决定意义的高家堰大堤却只能被加固修复。潘季驯望着这无法加高的大堤，心里不禁生起隐隐的忧虑。
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新建的堤防体系发挥了作用，此后的将近十年，黄河没有大的事故，这让万历皇帝大喜过望，对潘季驯大加称赞。可是，安静了几年的黄河接连在万历十五、十六年再次决口，治河难题又摆在了万历皇帝面前。他希望任用“老成才望”之人，其实，就是心里惦记着潘季驯呢，潘季驯就这样第四次被推到总理河道这个职位上。
上任的潘季驯旧事重提，上呈万历皇帝的奏折中，他陈述黄河利害，是与百姓性命相攸关的大事，恳请皇帝以民为重，批准他加高加长高家堰，以达到长期杜绝黄河水患的目的，避免生灵涂炭。然而，这次万历皇帝仍是不予同意。
年事已高的潘季驯无奈，只得整修加固一些堤防、闸坝，将对堤防的防御工作提到新的高度，希望通过主观人为的防守制度，为治水防汛提供最后一道防线。万历二十年，“世事误人称老马，机心终日愧闲鸥”的潘季驯以年老多病为由辞官，结束了自己漫长且艰辛的治河生涯。
然而黄河的治理再也没有大的进展，到了明朝末年，黄河水祸不断，所经之地满目疮痍，粮食绝产。水灾又带来瘟疫，老百姓缺吃少穿，贫困交加，饿殍遍野，民不聊生，纷纷揭竿而起，奋起反抗。内部农民起义风起云涌，外边又有女真不断扰边，内忧外患、腹背受敌的情况下，大明这座帝国大厦最终轰然倒塌。也许，万历皇帝抛弃百姓，以祖陵为重而否决潘季驯提议的那一刻，就已经注定了这样的结局。
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大明皇帝弃百姓安危于不顾也要特意保护的明祖陵，到了清朝康熙十九年，黄河夺淮，终于还是沉没水底。这个被朱元璋认为是风水宝地，以期可以保佑大明社稷永固的祖辈陵寝，却最终导致江山的覆灭，这点恐怕是朱元璋不曾料到的。