嘉庆十四年，特供京城的漕粮同样出现了掺假、用药、盗卖及索贿等腐败问题。嘉庆震怒，将通州仓储负责人处斩，对于接受贿赂、敲诈的胥吏全部绞死。问责过往三年的的全部官吏，去世的也不放过。必须进行赔偿，变卖家产也要赔，去世的儿孙也要赔。
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嘉庆十四年(1809年)五月，清军某兵营食堂一片嘈杂。众多士兵在就餐时，发现米饭外表虽白，但大米的内部已经发霉变黑。有些士兵为了泄愤，甚至还打砸了食堂。几乎与此同时，京城部分王府与衙门也发现了众多问题米。食品安全发生危机，后果很严重，汇总后火速上报给嘉庆。
看罢奏折，嘉庆吃饭都感觉味道不对了。本来漕粮也是一种特供，都是江南地区供应的优质大米，怎会出现如此严重问题。
他立即责令户部对漕粮的运输与仓储部门进行彻查。大臣侍卫带清兵迅速查封了通州多个仓储粮库，并当场将仓场侍郎、仓场监督等负责人控制住。不查不知道，一查吓一跳，漕粮亏空严重，各仓库账目根本对不上。西仓、中仓共78廒间，仅抽查了18廒间，便发现亏空9600余石。换算成今天的单位，约合600吨。不仅如此，检查人员打开粮仓，惊讶地发现，到处是以次充好的大米，好米中大量掺杂着劣质米，甚至还有石灰、沙砾掺入其中。
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还有更奇特的，一些米袋包装正常，打开观察米的颜色也正常，也没有任何掺假，但碾碎后发现，米的内部已经变质。嘉庆当时就震惊了，再次派出左都御史周兴岱等八人，每五天一班，分班清查，每五天一上报。黑幕徐徐揭开，原来疯狂掺假的原因是好米被盗卖牟利。好好一船大米，在中途遭遇多次盗卖，地方官吏、漕运官吏与船主串通一气，盗出好米后，再将相同重量的石灰、沙砾充兑到米中。在天津西沽一带竟然还有专门用“涨米药”给大米发涨的。用了这种神奇的药后，大米会发涨变大，同样能把米袋撑得鼓鼓的。
如此大规模作假必定是多个部门串通舞弊，集体腐败。检查人员首先将通州仓库的相关负责人侍郎、郎中、主事、书办与各胥吏攒典、仓出、番役、库丁、花户、炉头等全部逮捕，后顺藤摸瓜，将天津售卖“涨米药”的杨秉濂与多位作假船主一并抓获。
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案件审判很顺利，众多漕粮“硕鼠”不仅集体参与弄虚作假、贪赃分肥，还公然敲诈勒索。在漕粮验收、入库环节，船主不行贿就无法过关，即使全部是好米也难以通过。给了贿赂，即使掺假的劣质米也能顺利签收。最后，将通州仓储主要负责人及相关办事人员处斩，对于接受贿赂、敲诈勒索的胥吏也全部绞死。同时，问责过往三年的的全部官吏，即使去世的也不放过。凡是负有管理责任的官员，必须进行赔偿，变卖家产也要赔，去世的儿孙也要赔。