崇德八年八月，皇太极驾崩，其十四弟睿亲王多尔衮和皇长子肃亲王豪格势均力敌，“诸王兄弟相争为乱，窥伺神器”。
32岁的孝庄与皇太极孝端皇后多方斡旋，使多尔衮得摄政王称号和实权后，改为支持其子福临继位，改年号为“顺治”，与其姑母、孝端文皇后两宫并尊，称圣母皇太后。
多尔衮位高权重，依然觊觎皇位，不断迫使幼主加封自己为叔父摄政王、皇叔父摄政王，甚至皇父摄政王，追封自己的生母为皇后，这是皇帝才干的事情。孝庄全力辅佐顺治，又对多尔衮施展谋略、软硬兼施，纾解其野心欲望，巩固了顺治的帝位。
30多岁的寡妇带着10多岁的儿子，面对诸多对皇位虎视眈眈的血性男人，自然是不容易。她既要得体地对多尔衮委曲求全，也要通过继续和亲的方式，向娘家蒙古科尔沁部博尔济吉特家寻求支持。然而，她忍辱吞声、苦心扶持的小皇帝顺治却不领情。
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顺治很不喜欢两名来自母亲娘家的皇后，独宠自己中意的董鄂妃逾常。顺治十三年(1656年)八月，董鄂妃被册为贤妃，仅三月有余，顺治又以“敏慧端良、未有出董鄂氏之上者”为理由，晋封她为皇贵妃，还举行了十分隆重的册妃典礼，并按照册封皇后的大礼，颁恩诏大赦天下。第二年，董鄂妃生下皇四子，顺治颁诏天下“此乃朕第一子”，大有册封太子之意。然而这个孩子“百日而殇”，顺治追封为和硕荣亲王，为他修建了高规模园寝。顺治十七年八月，董鄂妃病逝，顺治“辍朝五日”，追谥孝献皇后。历史学家萧一山称他“痛爱妃之死而欲逃禅”。
而顺治对母亲为其选的皇后，都是冷漠寡情。第一个是孝庄的亲侄女，是多尔衮为他聘娶的，但喜好奢侈，娇生惯养，顶撞过顺治，自然为他不喜欢，立后两年被废。第二个是孝庄从娘家找来的堂孙女做儿媳妇，但儿子正宠董鄂妃，对这个母亲指定的皇后，动不动就责斥。好在这位皇后能委屈圆通，又有太后呵护，才没有被废掉。
孝庄虽没有像慈禧那样进行垂帘听政，但在顺治一朝、康熙前期，她都是两任皇帝最好的政治导师。
清史专家杨珍说：“孝庄是公认的明清之际杰出的女政治家，在清朝入关特别困难的情况下，维持了清皇室的团结，而且保护培养了顺治、康熙历史名君，对扭转当时中国的分裂局面使中国归于统一具有重要作用，更重要的是她没有像慈禧那样垂帘听政，始终处于幕后，这在中国古代史上是非常罕见的。”
作为当事人之一的康熙，对祖母的评价更有说服力：“忆自弱龄，早失怙恃，趋承祖母膝下三十余年，鞠养教诲，以致有成。设无祖母太皇太后，断不能有今日成立。”此话款款深情，见诸《清圣祖圣训》卷一《圣孝》。
赵尔巽修《清史稿》评价孝庄：“世祖、圣祖皆以冲龄践祚，孝庄皇后，当时无建垂帘之议者。殷忧启圣，遂定中原，克底于升平。”
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孝庄临终前，嘱咐康熙：“太宗奉安久，不可为我轻动，况我心恋你父子，当于孝陵近安厝。”孝庄的遗愿，灵枢不要运往盛京与皇太极合葬，而是安在清孝陵附近，那里有其23岁因患痘早逝的儿子顺治的陵寝。那是她心中的痛。她要葬在北京城，继续守护孙儿的江山。同时，孝庄也清楚皇太极最爱的是姐姐海兰珠，尊重的是姑姑哲哲，就连林丹汗的那两个寡妇在皇太极心里的位置要比自己高，未必心里不无伤感。
此言道了真情，但被南明抗清将领张煌言大做文章，说孝庄作为寡嫂嫁给小叔子，而无颜见自己的丈夫皇太极。
母子矛盾重重，势同水火。顺治十八年世祖驾崩，8岁的皇三子玄烨即位为康熙帝，尊为孝庄为太皇太后，称昭圣太皇太后。孝庄再次辅佐，授以治国安邦方略，一边与索尼、鳌拜四大顾命大臣斗智斗法，一边支持康熙平定“三藩”、收复台湾、驱逐沙俄、亲征准噶尔。康熙前期许多重大决策、重大事件，都是同孝庄的筹谋擘画密不可分。
不论后世之人如何拿所谓委身洪承畴、下嫁多尔衮的事情给孝庄泼脏水，但她对清朝的兴盛厥功甚伟。她生活俭朴，不事奢华，戡乱“三藩”时，把宫廷节省下的银两捐出犒赏出征士兵。每逢荒年歉岁，她总是把宫中积蓄拿出来赈济，全力配合、支持孙子的事业。
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她的表率行为，更使皇帝增加十二分敬意。康熙二十一年(1682)春，皇帝出巡盛京，沿途几乎每天派人驰书问候起居，报告自己行踪，并把自己在河里捕抓的鲢鱼、鲫鱼脂封，派人送京给老祖母尝鲜;二十二年(1683)秋，康熙陪祖母巡幸五台山，一到上坡地方，皇帝每每下轿，亲自为祖母扶辇保护。
康熙二十六年(1687)十二月，孝庄病危，康熙昼夜不离左右，亲奉汤药，并亲率王公大臣步行到天坛，“请灭算以益太后”：“若大算或穷，愿减臣龄，冀增太皇太后数年之寿。”