秦王李世民，带着秦王府麾下十员骁将，在玄武门设伏，杀兄、屠弟，夺取了太子之位。这就是历史上有名的玄武门之变，但是这里竟然没有得力干将秦琼，这让人很难理解。在李世民的手下，秦琼同样立下了赫赫战功，著名的尉迟敬德就是被秦琼击败并最终投靠李世民的。秦琼随李世民，讨伐王世充、窦建德、刘黑闼，每战身先鏖战，前无坚对。每当对手阵营中有骁将锐士震烁出入以夸众者，秦王则名叔宝往取之，跃马挺枪刺于万众中，莫不如志。
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在太子李建成和齐王李元吉心目中，秦琼是夺取帝位的最大威胁之一。李建成曾想方设法的要把秦叔宝调离秦王府，李元吉更明白地说，一旦能杀了李世民，第一个要杀的就是秦琼。就是这样一个文武双全，勇冠三军，令人敬畏的人物，为什么在对于李世民最重要的一场战争中，史书中却没有记录他任何勇武过人的事迹。《旧唐书》中说秦琼那天确实随从秦王到了玄武门。那么为什么他这么低调呢?
事实主要的原因就是秦琼一定很不愿意搅入到这场为夺帝位的骨肉相争当中，所以表现失常。事实上，唐代早期最著名的军事将领李靖和李绩，对于李世民与太子建成的帝位之争都采取了严守中立的态度，不做任何政治投机。这使得李世民对他们更为敬重。而秦琼本身是秦王府的将领，在这场你死我活的帝位之争中，他不可能像二位李将军那样可以置身事外，保持中立。他只能站在秦王一边。可是他一定知道，这场帝位之战一旦打响，那么长安城内，必定是血流成河，这样的杀戮和在战场之上百万军中取上将首级，完全不同。在这样的一场不是为了大唐，而是为了秦王帝王野心的血战中，志节完备的秦琼所能做的恐怕只能是消极避战。
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这样的一场骨肉相残，日后却成为了大唐贞观之治的起点。或者也正因为贞观之治的辉煌斑斓，玄武门的血腥气总是被人们有意无意的淡漠。玄让人感到欣慰的是，在那个你死我活，众人都在用杀戮和屠灭，追求功名的日子里，在大唐的将军中，总还有一位志节完备的秦琼，在血色的悲凉中仍能尽可能的谨守着做人的良知。