燕王朱棣后来起兵造事，把老子认命的孙子皇帝撵出南京的皇宫，至今下落不明，与朱允选择的下葬时间失当有直接关系，成为朱棣要搞他的第一理由。现在，关于朱元璋的死亡时间，有各种说法，一是洪武三十一年(1398年)闰五月初九，一说是闰五月初五，一说是闰五月十七日等。为什么会有这么多种说法，表面的原因是史书上记载多模糊，如《明史惠帝纪》：“恭闽惠皇帝讳允蚊，大祖孙，懿文太子第;子也。三十一年闰五月太祖崩”，只是说明朱元璋闰五月死的，而哪一天没有说。但对于下葬时间倒说得很具体，“(朱允)辛卯即皇帝位，大赦天下，以明年为建文元年。是日，葬高皇帝于孝陵，诏行三年丧。”“辛卯”，现在可以确定了，就是洪武三十一年闰五月十六日。
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从这里推算，朱元璋下葬是他死后的第七天，那么死时间就是当年的闰五月初九。对于朱元璋到底是哪天死的?按说这是很清楚的事情，为什么史书上要写得模糊?这与朱允给朱元璋选择下葬时间不当，“嫌其太速，事理有不尽然者”，为掩人耳目啊，故意混淆是非。
确实，如果根据《明皇大政记》等史书的记载，堂堂一位开国之君，死后几天即下葬了，那么多分封在外地的王子都没有赶回来啊!这正常么?所以，朱棣在听说侄儿把他老子匆匆埋了后，十分恼火。谈迁的《国榷》记载，“燕王入临，将至淮安”，以为父亲奔丧为名，要找朱允讨说法，这为以后篡位找到了第一理由。《明皇大政记》记载，“故燕王移檄，亦有此句，且指以为罪。则葬之的据甚明。”
而正是考虑下葬时间上有让人说出话的地方，朱允到底是哪一天把祖父葬了的说法很多，明人朱国桢在《皇明大政记》称，“高皇帝之葬，《吾学编》、《明书》：‘辛卯皇太孙即位。是日，葬孝陵。”而他书多不敢及，疑之也。于是有六月初一之说。夫即位，必先告几筵，以明授受继体之正。建文即位，实在三十一年闰五月十六辛卯日，去高皇崩仅七日，即于是日完葬事。’”
《明史本纪》称“五月辛卯葬孝陵之下。”，而《通纪》及《建文朝野类编》都记载是“六月甲辰”，现在查一下，是闰五月二十九日。又有说，不是死后七天下葬的，而是七个月后，如徐乾学《读礼通考》称，“乾学谨案，明代诸栽纪，皆言大祖崩七日而葬。惟吴朴《龙飞纪略》逾七月而葬。”这种说法的理由是，朱允是很讲礼制的皇帝，不应那么快就把祖父给葬了。
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那决定下葬后又发生了什么?这同样是一个谜团。
在南京民间，连小孩子都知道这样的传说，朱元璋下葬那天出现了“迷魂阵”，就是南京的十三个城门同时出殡。此说法史书有记载，朱国桢的《皇明大政记》称，朱元璋下葬那天“而发引，各门下葬”。为什么要这样?在民间，有钱的大户人家，为了干扰视听，防止有人盗墓，有意隐藏先人埋葬地点，而一个皇帝如此这般，实在令人不解。在元朝，帝王无陵寝，搞搞迷魂阵倒是很合乎情理，既然朱元璋生前都为自己的归宿找好了地方，选择紫金山阳的地块筑陵，谁不知道他葬在那里?有必要摆迷魂阵，大造假象吗?
原来，在葬后不久即传出，朱元璋不是葬在孝陵，而独葬朝天宫。就是今天南京王府大街向南千米右手旁边的朝天宫，具体地点是“世传三清殿下为明祖真葬处”。在前人的文字中同样可以找出这方面的记载，清代浙东学派代表人物全祖望的《从朝天宫谒孝陵》称，“钟阜衣冠是与非，朝天弓剑更传疑。难寻玉匣珠襦地，但见神功圣德碑。开国谅无惭汉祖，嗣孙底是学曹丕。当年可笑山陵使，乱命何人为弼违(自注云：世传高皇帝龙蜕在是宫，不在陵也)。”这里说的很清楚了，明孝陵仅是朱元璋的衣冠冢，而真正阴间“睡觉”的地方在“宫”(朝天宫)。
朝天宫，宋代时为天庆观，元代叫元妙观、永寿宫，朱元璋定都南京后，改为朝天宫，那时“百僚朝贺习仪于此”。葬在朝天宫这种说法，倒是给朱允“速葬”朱元璋、大摆迷魂阵、十三城门出殡找到了合理的解释和可能性，朝天宫在城里，速葬起来很方便的;如果葬在孝陵内，就没有必要搞假象。但后世好多学者都不信。清代文人甘熙就不认可，其所著的《白下琐言》称，朱元璋花了几百万的银子，造了十几年(洪武九年即1376年，朱元璋决定在此建造自己的陵寝)，总不应该为马皇后一个人造的吧。而且，朱允是很讲孝道的一个仁义皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。
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后来又传出，朱元璋不是葬在孝陵、也非朝天宫，离开了南京城，选葬在北京的万岁山。清人赵执信《万岁殿》称，“明祖手持一杯酒，布衣刘季真吾友(太祖祭历代帝王庙，惟汉高祖前加酒一杯，理由是只有刘邦和他一样，是从个平民老百姓当上皇帝的，即‘惟公与我起布衣而有天下’一说)煤山万寿耸峥嵘，犹是因依万岁名。”
后经考证，这是以讹传讹，不可信。甘熙即说，“万岁山在燕京，其时方以会葬不从，兴师靖难，焉有奉移梓宫不远数千里而往之事?”我也这样认为，如果真是这样，朱棣造反第一理由又从哪来?
但朱元璋到底是否真的葬在孝陵内，现在并没有学者能说“一定”二字。我曾向原在孝陵博物馆工作的中山陵园管理局文物处副处长廖锦汉先生请教过此事，廖称，在明孝陵“申遗”之前，中山陵园管理局曾专门请南京大学等相关的技术、史学专家，经数年科学探测、考古，证明明孝陵地宫未曾被盗，完好无损。后来我再从相关专家处了解到，1998年开始，江苏省地震局地震工程研究院的专家在宝城内，采用无损磁测法(GPM技术)，已经明确发现在宝顶地下深处有一个面积达数千平方米的建筑空间，而且还找到了进入这个空间长达百米的通道(墓道)走向和入口，无疑宝顶下存在的这个巨大建筑空间只能是明孝陵的地宫，而地宫的入口就在明楼东侧十几米处现呈下沉错位、有裂口的宝城城墙下面。
但这并不能证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相恐怕只有等到开挖明孝陵的哪一天才能最终揭开!但这个日子恐怕如开挖始皇陵一样，目前还不可能，很遥远，这也是说，朱元璋到底葬在哪，在相当长的时间内，仍将是一个谜。