自满清建国起，大喊满蒙一家口号分化汉族和蒙古族。实行满蒙结盟，乃是整个清代的国策，清廷根据蒙古封建主原来地位的高低和对其效忠的程度、功劳大小，分别授予亲王、郡王、贝勒、贝子、台吉等各种爵位，使他们享有各种政治和经济特权。1648年(顺治五年)又规定，蒙古王、贝勒、贝子、公年节来京朝觐，称为年班。是清朝统治者为蒙古王公们所安排的礼遇，也是进一步笼络、争取、感化他们的特定的措施和政策。此外，每年要拨出大量银两、缎匹，以及俸禄等形式，赏赐蒙古贵族。清朝统治者还通过满蒙亲贵世代互通婚姻的办法，紧密双方的关系。
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看起来，满清朝廷非常优待蒙古，但实际上满清在一方面笼络蒙古贵族的同时，另一方面让大量的蒙古牧民如同羔羊一样软禁在羊圈里，同时用喇嘛教让蒙古人变成寄生人口，从而让整个蒙古草原X病泛滥。这到底是怎么一回事?
事实上，满清对蒙古的控制是非常严厉的。在康熙以后，几乎每年都有大批内地民户流迁到关外东北、口外蒙古以及新疆等地。对于内地民户，清朝政府都用设置府州县厅的办法，与蒙古等盟旗制度，分别进行治理。象热河设承德府，察哈尔地区设张家口、独石口、多伦诺尔、丰镇等厅，在土默特归化城地区建萨拉齐、托克托、和林格尔，清水河等厅，新疆有镇西府、迪化州，等等。清廷的此种做法，根本意图还是想要严格区别移居汉民和原住民族，隔绝各民族之间的交往，不致互为影响。并且规定蒙古人到内地只能从山海关、喜峰口、古北口、独石口、张家口、杀虎口六处入关。入关时登记人数，出关时仍照原数放出，而且除以上六个关口外，不得从其他关口出入。
同时，禁止蒙古人学习和接触汉文化。嘉庆二十年谕：近年蒙古渐染汉民恶习，竟有建造房屋演听戏曲等事，此已失其旧俗，兹又习邪教，尤属非是，著交理藩院通饬内外札萨克部落，各将所属蒙古等妥善管束。道光十六年规定，嗣后蒙古人，只准以满洲蒙古字义命名，不准取用汉人字义。十九年又规定，蒙古王公台吉等不准延请内地书吏教读(学汉文)或充书吏，违者治罪。其公文呈词，也不得擅用汉文。而且还禁止内地人出关种地和经商，内地出关经商者必须持有理藩院发的票证，而且限定一年期限，不准滞留各部娶妻生产，不准取蒙古名字等等。其目的在于强化封建统治，防止蒙、汉人民联合反抗。
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满清通过这些严格的法律来隔离蒙古与内地汉族地区的交往，严格的游牧界限强化了草原民族的生态封闭性，而这一点恰恰与游牧社会的生产力要求不相符合，从而使蒙古人民无法获得汉族先进的生产技术和生产工具，始终处于游牧的地位，三百年不能进一步的发展。
但最狠的还并不是限制了蒙古族的文化和经济发展，而是通过在蒙古地区大力提倡喇嘛教，以宗教之名对蒙古实行统治。
在清代，尤其康熙朝后，清朝有目的地拨款兴建以及王公、平民捐资兴建的色彩鲜艳、造型奇特、宏伟壮观的大小庙宇，遍布了蒙古各地。康熙至乾隆年间，在内蒙古宗教中心多伦诺尔以及热河，清朝先后拨款兴建了汇宗寺、善因寺、会心寺、溥仁寺、溥善寺、普宁寺、普佑寺、安远寺、普乐寺、普陀宗乘庙、须弥福寿庙、广安寺等20多座庙宇。拨款十万两银子兴建的善因寺赐予内蒙古宗教首领十五世章嘉呼图克图。顺治至雍正年间，内蒙古西部以呼和浩特为中心，先后大兴土木筑建了多个大小庙宇，喇嘛数达到三千余人。在阿拉善一带也筑有30余座寺庙，盛时喇嘛数达到1万余人。据不完全统计，在漠南大小寺庙共1000余座，喇嘛20万以上。漠北喀尔喀从康熙朝起所兴建的大小寺庙约有700余座。这些寺庙共有喇嘛10万余人。喇嘛被免除兵役、徭役和赋税负担，这一政策实际上鼓励了广大平民弃俗从僧，使大批为生活所困的阿勒巴图，云集各庙宇，念经修佛。
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在清朝三百年中，朝廷规定一户蒙古人如有三到五个男子，就必须有二到三个出家当喇嘛。而喇嘛是不能娶妻的，长此以往，人口必然下降。再则，男不婚女不嫁，自然严重的影响人口增长。
《冯玉祥自传》中曾有这样的记载：“谈……满清利用喇嘛教以统治蒙古人民，凡有兄弟八人者，七人须当喇嘛;兄弟五人者，四人须当喇嘛;仅有一人可为娶妻生子的平民。当喇嘛者有红黄缎子穿，又可坐享优厚的俸禄。……”
蒙古部落被分割，建汗封王，以相牵制，最终势力消散，无力与清廷抗衡。