在南京，最具传奇的反盗墓故事，并不是东晋帝王陵的集体失踪，而是诡计多端的大明王朝开国皇帝朱元璋下葬传奇。传说，朱元璋在下葬那天，应天府十三座城门，罕见地同时打开，每个城门里面都抬出了大棺材。这个传说的背后，其实就是过去皇家常使用的传统反盗墓手段——秘葬。而从民间看来，朱元璋实际运用的反盗墓手段，应当不止一种。
碎石封顶反盗墓
明孝陵的地宫位于紫金山南麓的独龙阜上的宝城下面，地面上是一个巨大的封土堆。
不少爬上此封土堆的游人可能会觉得失望，就这么一个大坟头啊。确实，从表面看什么也没有，但游人脚下巨大封土中却藏有玄机。1998年12月，南京文物研究所在江苏省地震工程研究院的配合下，曾对明孝陵的地宫作了有史以来最深入的一次调查勘测。
在这次勘测中，便发现了不少秘密。
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当时，使用的是精密磁探测技术，由中国最早将此技术运用于文物考古领域的专家之一、江苏地震局高级工程师张治天主持。此次探测共进行了30多天。探测中，除受到地面杂物(游人随手丢弃的铁质易拉罐、原养鹿场碎铁丝网、明代以前的碎砖)干扰外，还受到广泛分布于山坡的壕沟、深坑等后期人类扰动体的影响，给探测和后期解释带来了极大困难。
但仍可以看出，宝城域内存在一个较明显的地下构筑物，大概在90米×50米，南界起于明楼北100左右，终于宝顶南沿，这就是明孝陵神秘的地宫。
这次探测，还发现了明孝陵地宫的入口，即神秘墓道，它位于明楼东侧的宝城城墙下，而不是在中轴线上。地宫所在的独龙阜地层中，有60%的地方都是人工修补、堆填过的。宝顶上遍布巨大的卵石。起初认为可能是防雨水冲刷用的。进一步分析发现，这是朱元璋的反盗墓诡计。
这种封土中加混杂卵石，是反盗墓方式中的一种外部的初级的手段，目的是增加盗墓贼挖掘难度。除了在封土中使用碎石，少石的地方，便用碗来反盗墓。在封土的内层，整齐覆在一层碗，再在上面夯土，碗碎后就出现坚硬的碎瓷片层，与混杂卵石有相同效果，有的则用碗把棺材包围起来，用粘性很强的糯米浆掺上石灰固定，形成所谓的“碗墓”。这在南京周边一些较高规格的六朝墓中，也发现过。其反盗墓理念，可能是到了反盗墓效果特别显著的流沙积石墓的影响。
就是1998年这次勘测，专家认为，明孝陵地宫保存完好，初步排除了民间流传的孝陵地宫被盗之说。
陵工大臣遭朱元璋“灭口”
帝王陵反盗墓的真正玄机，在墓道和地宫内，在封土中混杂卵石仅是雕虫小技。民间传说，孝陵的地宫有反盗墓机关，营建时秘密设置了伤人暗器。
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古代早期的帝王陵一般会设置机关，孝陵到底有无，因为没有发掘，仅凭民间传说无法弄清。但据北京十三陵之一、明神宗朱翊钧的定陵发掘情况，可推知一二。定陵在反盗墓上也动了脑筋，通往地宫的入口处用金刚墙封堵，内设道道厚重的石质墓门，门后以“自来石”顶挡。
过去，出于反盗墓的考虑，参与营建帝王陵的工匠都会被灭口，如著名的秦始皇陵，在封闭地宫时，嗣位的秦二世坑杀了所有知情工匠。朱元璋是否这样做了?史上不见文字记载。但根据孝陵一点工程资料没有留下，甚至连明人笔记都不敢记载的情况来分析，朱元璋也做足了反盗墓文章。
孝陵的底细，即皇家一号天机只有一个人最清楚，那就是主持孝陵工程的李新。
史书上称“新有心计”，但再有心计，也算计不过皇帝。
给皇家主持陵墓工程是一项危险的任务，做不好，惹怒龙颜要掉脑袋;做好了，皇帝又会担心泄露地宫秘密，会惹杀身之祸。果然，在死前三年，朱元璋借口“蓝玉党案”，将李新杀掉了。
明眼都心知肚明，这是朱元璋在“灭口”。李新知道孝陵的秘密太多了，生性多疑的朱元璋不可能让他在自己死后还活着。
“十三城门同时出棺”真相
朱元璋给南京留下了丰富的文化遗产，除了孝陵，世界现存最长的城墙——南京明城墙，也是朱元璋的杰作。明代内城有门十三座，外郭有门18座，此即所谓“内十三，外十八”。
在南京，有关朱元璋下葬的传说不少，相当诡异。传在下葬时搞了一个“迷魂阵”，当天，十三城门同时出棺。这个说法已传讲了六百年，是南京民间最经典的段子之一。南京过去有个民谣：“南京有三怪，龙潭的姑娘像老太，萝卜当作小菜卖，十三个城门抬棺材。”竟然把朱元葬当年下葬的传说，当成了南京代表性的一件事。
可能有人觉得是无稽之谈，其实并非空穴来风，史料上有记载，如明人朱国桢的《皇明大政记》上便有这样的文字，朱元璋下葬那天，“而发引，各门下葬”。
各门下葬，是一种障眼法，实行秘葬的步骤之一，属反盗墓的典型特征。在中国盗墓史上，如此这般生前留下遗嘱，要求将自己“偷偷处理”的古代君王，非朱元璋一人。最早实施秘葬的是在本书“孙权盗墓”中提到的南越王赵佗，赵佗死后有“秘异神密之墓”，下葬时多城门出棺。其墓在哪，至今没有被发现，孙权当年枉费了心机最著名的秘葬传说，发生在曹操死后。传说在下葬那天，邺城的各个城门都有棺材抬出。曹操到底葬于何处，目前也没有弄清楚，最后落下了“七十二疑冢”之谜。十六国时期的君王也喜欢“秘葬”，如后赵始主石勒，半夜从各个城门出殡，就着黑夜将棺材抬向深山中。
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看到这里，或许有读者会问，朱元璋不是与皇后马秀英合葬于孝陵内么?实行秘葬还有什么意思?问对了。
有传说，朱元璋就是要造成自己死后未入葬在孝陵内的效果，绝盗墓贼的念想。在十三城门同时出棺前，朱允炆已将朱元璋的大棺材，从皇宫的秘密通道，直接抬进了孝陵内。
但是，更有人相信，朱元璋下葬时，真身棺材根本就未抬进孝陵内，特别是明成祖朱棣迁都北京后，此说一度传得很神。