俗话说打虎亲兄弟上阵父子兵，血溶于水的兄弟一般都是成功人士想要获得的协助力量，因为有着血缘关系所以有着亲密感和一致性，能够无条件的信任和依赖。但是这个道理舒尔哈齐身上并不适用。
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努尔哈赤家从父亲在父亲那一代有六个兄弟，原本他们的关系都还比较融洽，但是很快，情感的天平就被利益动摇了，当他们知道了当时还很年轻的努尔哈赤得到了家族原本的官职和一些财产之后，亲兄弟之间、堂兄弟之间开始了争夺，开始了为利益所倾斜了。这些亲戚们都站到了仇人的那一边，忘记了仇恨，忘记了彼此间的亲情。幸好此时，努尔哈赤还有几个兄弟的支持，也正是因为他们，努尔哈赤才能在统一女真的征途上不断取得成功，也共同揭开了清帝国这段创业史的序幕。
一般来说，女真社会中采用的一般是一种两头大的政治体制模式，也就是说一个部落联盟内会有两位酋长，一般来说会是亲兄弟分别担任，因此，在努尔哈赤的第一个国都建成的时候，他和舒尔哈齐两兄弟就曾形成了并肩作战、手足同心的良好局面。然而到了最后，他们还是不得不因为利益等等的原因兄弟离心。
随着女真各部的逐渐统一，明朝政府开始对辽东局势感到不安。辽东总兵李成梁重操旧业，再次实行以往屡试不爽的分化瓦解政策，极力拉拢舒尔哈齐，面对明朝的种种“恩宠”，舒尔哈齐却觉得自己作为建州女真的“二都督”，有理由借明朝政府之力树立领袖的地位。可是，兄与弟之间的差异和努尔哈赤作为旧有势力突破者的特殊身份，决定了现实的残酷。
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万历三十五年，居住在蜚悠城的女真部落主动要求脱离乌拉部的控制归顺建州，努尔哈赤派舒尔哈齐和自己的儿子褚英、代善等人率军3000前往收编该部。返回途中，他们在乌碣岩遭遇领兵阻截的乌拉部贝勒布占泰，舒尔哈齐因顾虑与布占泰之间的姻亲关系而不肯参战。事后，努尔哈赤虽然没有问责于舒尔哈齐，但却将舒尔哈齐的两名属将常书、纳齐布以“不战”之罪论死，为了保全这两个人，他不惜以死逼迫兄长让步，盛怒之下的努尔哈赤虽然免除了二将的死罪，却剥夺了舒尔哈齐的兵权，兄弟间的冲突爆发了。
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从曾经距离汗位最近的“弟贝勒”，到有名无实的“达尔汗巴图鲁”，舒尔哈齐难免忧愤满腹，他曾发怨言称：“此生有何可恋，不如一死！”于是渐渐产生了率部出走另立山头的想法，并将地点选在靠近明朝边境及海西女真领地的黑扯木。建州女真内部的这种异动被明朝廷所侦知。为了避免建州女真的分裂，努尔哈赤曾经力劝弟弟不要移居黑扯木，但舒尔哈齐去意已决。万历三十七年，面对已然率部出走的亲弟弟，努尔哈赤不得不忍痛“断臂”——他没收了舒尔哈齐的财产，并将曾与舒尔哈齐一起密谋出走的亲侄子阿尔通阿、札萨克图处死，面对兄长咄咄逼人的气势，万念俱灰的舒尔哈齐不得不返回建州。按清代官方史书的说法，努尔哈赤见弟弟回心转意，便将剥夺的财产“悉数归还弟贝勒”，可是愧疚难当的舒尔哈齐还是在两年后突然过世。