杨秀清重新整顿拜上帝教后，把冯云山救出来了，同时迎回了洪秀全。但等洪秀全和冯云山回来后一看，变天了。以前洪秀全是当家的，是精神领袖，于是在他们发现又出现了两个新的领袖，一个是上帝化身，一个是耶稣化身。但他们也不得不承认这两人的地位，于是从此以后太平天国的领导层里出现二元体制：一个是老的，从广东花县来的洪秀全、冯云山等人;一个就是当地的。最后他们一横心，反了算了。因为一直处于打来打去的战斗状态会让人活得很累，而且规模越来越大之后，很难将组织起来的群体遣散。
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但是我们要知道，洪秀全当年创教，是希望出人头地，而不是想要造反。他从花县来到桂平山区，不是要来造反，只是希望干点事业。简单来说，就是一个古老的失意的知识分子，希望利用歪门邪道出人头地的过程。这还是跟上世纪八十年代那些暴得大名的气功师的经历是一样的。当时国内那些大红大紫的气功师，大多都是因为在体制内不得志，或是无法通过正规途径进入体制的失意者，然后通过创教而迅速家喻户晓，成了所谓大师。本来不招人待见的人，在当年却受到高官和演艺界明星的狂热追捧。
其实洪秀全跟这些百佘年后的人没有多大区别。人性，在历史上很难有变化，几千年来估计都是这样。通过正规渠道上不去，那就走邪道，只要能出名就行。总的来说，人都是这样，本来无足轻重，但一旦其信众或追随者达到了一定规模，并卷入了当地的政治斗争，那么就有可能踉当地的官府发生问题。而跟官府发生问题就相当于跟朝廷发生问题，这么一步步地走，最后不反也得反了，所以最后太平天国就反了。
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农民造反以后，清政府这边的问题也跟着来了。此朝廷机器锈蚀，反应很慢，而且由于地方政府的隐瞒，朝廷在很长时间里是不知道这事的。地方政府一方面极力隐瞒，以为自己把这起事件默默处理掉也就算了，另一方面他们又处理不了这件事。起义的太平军在永安被官军围困了很长时间，但官军就是无法扑灭他们。当时若有一支比较强悍的军队，早就能够把太平军平了，但就是平不了。
其实，早在乾隆末年至嘉庆初年，白莲教在中部几省发动起义时，清朝的军队就已经不行了，统治机器最重要的部分巳经问题很大了。鸦片战争时，清朝军队的问题虽然已经有所展现，但毕竟当时的敌人强大，我们还可以忽略不计。但这个时候，当一帮农民揭竿而起的时候，国家军队还是无能为力，然后眼睁睁地看着这帮人杀出广西，进人湖南。太平军进入湖南以后，情況发生了很大的变化，不仅客籍人响应，而且各种民间会门，比如天地会等都踊跃参与太平军。
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按道理，天地会是不该帮助他们的，但天地会是被政府打压的，所以这个时候也开始造反了。所以太平军进入湖南后声势一振，虽然没有打下长沙，但他们在分兵之后，打下了更重要的武昌，就是当时的武汉三镇。当时武昌比长沙不知要重要多少倍，那个时候它是连接南北的交通枢纽，九省通衢。然后太平军就顺江而下，打到南京，此时按照清朝的既有体制和国力，这场起义已经很难扑灭了，所以，事情真的闹大了。