康熙帝之前的皇太极和顺治帝都不是通过立储制度的形式当上皇帝，皇太极是经过八王共制的推选制度继承皇位，他去世的时候也没有留下遗言，其子顺治也是经过一番明争暗斗才继承皇位。在他们继位前后，必定经过一番激烈的龙争虎斗，差点使统治集团四分五裂，虽然最终没有发生决裂，但这样显然不利于大清王朝的统治。
顺治帝所生的孩子当中，所宠爱的皇四子不足百日便夭折，临终的时候，可供他选择立为皇帝的只有皇二子福全和皇三子玄烨，也就是后来的康熙帝。玄烨之所以能当上皇帝则是因为孝庄太后的决策和德国传教士汤若望的建议。康熙帝继位后，试图以公开立储的形式解决皇位继承问题，当时康熙帝很喜欢胤礽，因此立他为皇太子，希望以此巩固国本。但是，让康熙帝没有预料到的是，有一年他率领众多皇子去打猎的时候，竟发生“帐殿夜警”事件，他发现胤礽在账外偷窥他，同时发现胤礽心胸狭窄，性格暴虐，结成太子党，严重威胁了皇权，于是康熙帝废掉了太子，最终也没有实行立储制度。
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雍正帝继位后，吸取了康熙年间皇子争夺皇位的惨烈教训，建立了一种新的立储方式，即“秘密立储”制度，所谓的秘密立储制度，就是皇帝生前不公开立太子，而是秘密亲书预立皇太子名字的文书，一式两份，一份放在皇帝身边，一份放在匣子里面，安置在乾清宫“正大光明”牌匾后面。当皇帝去世后，由储位顾命大臣共同取下匣子，和皇帝随身携带的另一份文书对照查看，核实后公布皇位继承人的名字。如此一来，皇子们便不知道皇帝心目当中的中意人选是谁，每个人都有可能成为未来的皇帝，为了讨得皇帝的欢心，皇子们必定会全力以赴表现自己，也不会特意针对某位皇子形成党派之争。 在雍正去世后，王公大臣们把两份密旨开启核实，弘历继位，也就是后来的乾隆帝，他成为清朝第一位以秘密立储方式登上皇位的皇帝。乾隆帝一开始也是依照雍正定的先例，亲笔书写皇太子的名字于纸上，然后放入匣子当中，然后放在“正大光明”牌匾后面，但是一开始乾隆对这种制度不太赞同，甚至说过皇子年龄渐长以后，如果确实有当皇帝之才，他会昭告天下，然而乾隆这一制度最终也没有实现。
在乾隆所生的众多孩子当中，首次被秘密立为皇太子的是永琏，当时永琏才7岁，他不仅是嫡子，而且十分聪颖，深受乾隆的喜爱，但是永琏很早就夭折，乾隆悲痛不已。在永琏去世当天，乾隆将密匣取出，宣布已将永琏立为皇储。在随后的几年里，乾隆再也没有再立太子。
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乾隆九年，皇七子永琮出世，这让乾隆欣喜若狂，心中拟定他为皇太子，但是现实又一次残酷摆在乾隆面前，永琮出痘，不幸早亡，乾隆深受打击，不料永琮的母亲富察氏也因悲伤过度病逝。乾隆与富察氏很是恩爱，皇后的死对他打击很大，脾气也变得极为暴躁，在为皇后治丧期间，他抓住丧仪中办得不妥当的细节，大发雷霆，先后有一百名官员被降职，甚至被处死。皇长子永璜、皇三子永璋因为表现出足够的哀痛，乾隆对他们斥责不已，毫不留情将他们排除在皇位继承权之外。与此同时，乾隆帝还向大臣们宣布从此不再立太子，如果大臣要求立太子，就是离间皇帝父子之间的关系，必将就地正法。乾隆帝的态度如此坚决，让大臣们胆战心惊，从此没有一个人敢在乾隆面前提起立皇太子的事情。此后，乾隆帝将秘密立储制度定为皇室的历代家法。
经过二十多年后，乾隆经过多方考察，决心再次秘密立储。这一次被选中的便是后来的嘉庆帝。乾隆在位整整60年，他开始考虑退位的问题，乾隆帝开启密匣，宣布嘉庆帝继位。嘉庆帝继位后，也效法乾隆、康熙等人，采取秘密立储的方式，把位子传给道光帝。
清朝时期由于采取秘密立储制度，皇子之间的斗争不再血雨腥风，也防止了大臣们围绕皇子形成不同派系，为争夺皇位开展互相倾轧，而是转向较为温和的争夺。
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在道光帝时期，奕詝和奕都是道光帝中意人选，论位序，奕詝是皇四子，奕是皇六子，论出身，奕詝是皇后所出，奕是贵妃所出，虽然奕詝具有很大的优势，但是论才华和能力，奕却优胜于奕詝。道光帝在这两个皇子当中一直犹豫不决，最终还是立年纪稍长，温和善良的奕詝为皇太子。虽然道光帝立奕詝为皇太子，但是他也不愿奕受到亏待，就将他立为亲王。
道光帝是清代时期最后一个秘密立储的皇帝，咸丰帝也成为最后一个以密匣立储的形式登基上位的皇帝，咸丰帝只有一个儿子，同治帝和光绪帝没有儿子，自然不用秘密立储。1912年，宣统帝溥仪退位，统治了中国两百多年的清朝宣告灭忙，秘密立储制度也就失去了意义，再也不复存在了。