史料显示，洪秀全的智商和能力相当有限。不要说管理国家，就是管理后宫，都足够他手忙脚乱。我们阅读洪秀全留下来的文献，发现处理与妻妾们的关系，是洪秀全生命中十分重大的事件，耗用了他特别多的时间和精力。
从现有资料我们可以判断，在起义之前，洪秀全和元配老婆就经常冲突，他经常打老婆。由于下手太狠，甚至引起天上的上帝和耶稣的极大不安，屡屡“下凡”来“教导”。 起义之前，有一次洪秀全要从广西回花县家中，天兄耶稣特意下了一次凡，嘱咐他说：“洪秀全胞弟，尔回去家中，时或尔妻有些不晓得，尔漫漫教导，不好打生打死也。”可见他打老婆之狠早已名声在外。
在太平天国正式起义之前，作为教主的他就有了十五位“娘娘”。然而他和这十五位娘娘的关系似乎不是特别和谐，从天父天兄的话里，可以看出这些女人经常有怠慢、厌恶洪秀全的表现。所以太平天国元年正月，太平天国刚刚起事，正与清军激烈作战之时，天兄还不得不抽空下凡来调节洪与妻妾的关系：
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天兄恐各娘娘有怠慢天王之处，……乃指示:“自今以后，各小婶有半点嫌朕胞弟，云中雪飞即斩首之意;有半点怠慢朕胞弟，云中雪飞。不拘那一个，凡有半点嫌朕胞弟及有半点怠慢朕胞弟者，尔一面奏明，不可隐也。”王庆成先生说，天父天兄管洪秀全的家务事，为的是“洪秀全不受其众妻子的怠慢嫌弃”。以教主之威而不能威服这些小妾，洪秀全为人可见一斑。
太平天国定都天京后，天父也为洪秀全与众妻子的关系屡屡大伤脑筋。进了天王府的洪秀全故技重演，高居垂拱，与外界隔离，数年不出天王府一步，以维持自己的神秘形象。虽然政事全部交给了杨秀清，他在深宫之内，也不是饱食终日、无所用心。他主要在忙管理老婆。关于他的妻妾数量，有说88位，有说99位，还有说100多位的。不管具体是多少，总之数量巨大，管理起来有一定难度。洪秀全一律废去她们的名字，给她们编了号，诸如第十六妻、第三十二妻之类，以便于管理。但是他的管理水平显然不高，以至他和妻妾们闹矛盾甚至成了太平天国政治生活的重要内容。看这段《天父下凡诏书》中天父教导洪秀全如何处理妾与女儿关系的话：
“今蒙天父开恩，娘娘甚众，天金亦多，固不可专听娘娘之词而不容天金启奏，亦不可专听天金之言而不容娘娘启奏。几有事故，必准其两人启奏明白，然后二兄将其两人启奏之词，从中推情度理，方能得其或是或非，不至有一偏之情也。”
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可见洪秀全如何夹在女儿与爱妾的矛盾中间时而偏听偏信时而左右为难的情状。这次下凡中，天父又一次提及洪秀全打老婆的事：
“又娘娘服事我二兄，固乃本分，但其中未免有触怒我主二兄。二兄务必从宽教导，不可用靴头击踢，若用靴头击踢，恐娘娘身有喜事，致误天父好生。且娘娘或身有喜事者，须开恩免其服事，另择一宫闱，准其休息，但使早晚朝见亦可。如此处待，方为合体。倘此娘娘仍有小过，触怒我主，亦当免其杖责，严加教导，使勿再犯使得。即或忤旨大罪，亦必待其分娩生后乃可治罪也。” 从杨秀清这段谏言看，洪秀全对嫔妃经常因为“小过”就用靴头击踢，或是杖责，连怀孕者也不能幸免，甚至强迫怀孕的嫔妃服侍他。
及至太平天国五年1855，洪秀全与妻子闹矛盾，又惹得天父下凡调解。“七月十九日夜三更时候”，天父下凡，命传韦正、冀王及众朝官来扶东王登朝，天父有圣旨诏天王。于是众官立即护卫东王登朝，“王宗齐执军装步行，在舆左右护卫东王”。典天炮官“放无数圣炮”、典天锣典天鼓官金锣金鼓齐鸣。这一次深更半夜兴师动众的下凡，天父居然在深夜把洪秀全和妻子赖氏从被窝里叫起来吩咐。赖氏到天父面前后，“天父称赞曰：赖媳，算尔晓得时时虔敬天父，晓得敬夫主。其余众媳，当教则教，当打则打，不可枉打。如有奸草者，当奏则奏，放胆奏，亦不可枉奏。”接着，“天父又吩咐曰：全宫及清等内殿一切事宜，即俱要选老成淑女为娘娘、王娘掌理内务，以为内助。尔们思之，朕回天矣。”
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过一个多月后，因为家务事，天父再次下凡。这次是因为洪妻报怨说，洪秀全规定“天朝严肃地，速来速回”，洪妻去问候洪母花得时间长些，也受到洪秀全的惩罚。对此天父下凡至金龙殿，责洪秀全“前诏有错”，说：“朕差尔治天下，以孝道为先。宫内事不必拘执。媳来候母，孝敬之道也。尔记天朝严肃地，速来速回。何必如是过执乎?……”