太平天国最大的损失，就是内讧杀死了杨秀清!洪秀全其实就是一个牌位，坐拥教主之位，实则深居宫禁，不理政务，日常一切军政大事都是由东王处理，实际上就是君主象征，首相当权的制度，只是还很不完善。
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杨秀清被洪秀全联合韦昌辉、秦日纲给除掉之后，天国一代英才谢世，之后再无有此大才之人能够担当此任，无论是韦昌辉、石达开、洪仁玕还是李秀成，均可当一面之任，而无统驭全局之能，可以说，杨秀清死后，天国的灭亡已经是无可挽回的了。
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杨秀清太杰出了，整个天国无出其右，他成了天国的实际统治者，使得所有人都羡慕嫉妒恨，于是乎!整天天国都容不下他，只能悲剧了!其实，杨秀清都不断试图改造拜上帝教。从永安开始，他就反对洪秀全打砸儒家，太平军打到哪里，他就一路反对洪秀全到哪里。
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一进入天京，杨秀清就马上开科举，不到半年，就开始解除“男行女行”，然后支持石达开在安徽等地收租而不是什么“圣库制度”。
也算洪秀全、韦昌辉、秦日纲甚至石达开狠，抓住千载难逢的机会：第一次大破江南江北大营，杨秀清的嫡系部队全部派出追击清军，杨秀清身边极其空虚(东王府大约1000多护卫)，斩首成功!