电影《花木兰》的故事源自于魏晋南北朝时期的作品《木兰辞》，讲述的是北魏年间，木兰代父从军的故事。而在电影中，陈坤饰演的将军“文泰”(实际身份为王子拓跋宏)，手捧着胡萝卜，一边咀嚼得嘎嘣脆一边喂马。而据《本草纲目》中对胡萝卜的记载，“元时始自胡地来，气味似萝卜，故名。”元朝与北魏相差了600多年。不仅如此，当花木兰为救文泰潜入柔然大营时，手里捧着一盘子土豆。而历史上关于马铃薯引进的时间有两种说法，一种是十六世纪，一种是十七世纪，无论是哪种说法，电影里出现土豆都显得太早了。
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其实，除了这两样食物外，细心的观众还发现，花木兰用于休息的简易凉棚外插的旗杆，近镜头看竟然是镀锌的钢管，细看还能看到螺丝扣，如此现代的东西“穿越”到北魏，实在让人啼笑皆非。此外，整部影片人物服饰全是汉朝装扮，飘逸有余，严谨不足，看来导演真需要好好补课了。人物年代大错乱除了道具上的硬伤，也有历史学家指出，电影中几个重要人物的年代出现严重错乱。片中柔然大将“社仑”在历史上是确有其人，社仑是柔然第七代主，公元402年至410年在汗位，410年死去。
而陈坤饰演的拓跋宏生于公元467年，两个人在历史上相差半个世纪。而拓跋宏本人的经历也全属杜撰，北魏孝文帝拓跋宏，在位公元471-499年，公元471年，年仅5岁的他即为帝。而影片中，已经成年的拓跋宏在军营中陪伴了花木兰长达12年。有网友调侃：“导演是想随便找个人来填故事，但他找的这个人也太有名了!”亲戚关系搞混淆影片开始的时候，有人指着一名北魏士兵介绍：“胡奎，营主的侄子。”可是当营主战死的时候，胡奎却扶着他的灵柩大喊“舅舅”!除了在亲戚关系上的错乱，《花木兰》(赵薇版动画版)还存在着一些逻辑上的硬伤。
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有观众质问：“花木兰胸前中箭，沙尘暴来了，她被埋沙子里边了，那么她是躺着呢还是趴着呢，要是仰面躺着，那还不被沙尘暴呛死了?要是趴着，那明晃晃的长箭，怎么趴呢?”“魏军跟柔然军队那场战争，魏军首战大捷后来了场沙尘暴。沙尘暴过去之后，魏军溃不成军，但是柔然的士兵却干干净净。”
《花木兰》回应片方已尽力，感谢挑刺网友对于影片中出现的一系列错漏，《花木兰》导演马楚成表示：“作为一个中国香港导演，我接拍《花木兰》压力挺大，就怕丢掉那种古典文化的味道，也很怕在古代知识方面出错，所以我请了很多古文老师、礼仪老师来帮忙，副导演没一个香港人，要么内地的，要么台湾的，就是希望他们能在古典知识方面提醒我，比如遇到读音有争议的古字，都会反复请教他们，或查古文字典。”《花木兰》出品方星光国际宣传李女士表示：“我们尊重网友的意见，也在仔细研究历史部分的内容，有网友提意见说明是关注电影的，我们对此表示感谢。”
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历史学者观点历史影视剧请专家指导很必要就影片《花木兰》中错漏百出这一现象，记者昨日致电辽宁著名历史学者詹洪阁先生，詹先生表示：“像胡萝卜、土豆这样放错了年代的错误，在现今的历史作品中十分常见，有些只有历史学家能看出来，有些已经瞒不住观众的眼睛了。其实，更多的影视剧在道具、人物造型、对白上更欠考究，这其实已经在一定程度上对观众造成误导。比较可行的方式是，拍摄历史作品的剧组聘请专业的历史学家进行指导，避免硬伤。”