1900年，在八国联军欲攻北京之时，慈禧太后又学起了当年咸丰皇帝带她们逃往承德的一幕，慈禧太后挟持光绪帝和亲贵大臣逃往西安，而派奕劻和李鸿章与联军谈和。慈禧太后再次置国家于不顾，只顾自己性命地选择了逃亡。而在开始逃亡之前，慈禧太后还不忘处死光绪帝心爱的妃子珍妃，这让光绪皇帝非常痛心。
珍妃肌肤胜雪，白皙无瑕，五官清秀俊美，而且聪明伶俐，性格开朗，很得光绪皇帝喜爱。珍妃入宫时，不过十三岁，因年龄还小，不懂与人相处，渐渐得罪了皇后，这基本等于得罪了其姑姑慈禧。所以慈禧一直在等着拿下她的借口。而珍妃却不知如何为人处事，她人虽小花钱却大方，还常去打赏身边的人，以至用度不足，又不会节省，她遂想了一个办法，就串通太监，恃宠多次受贿卖官。因为有利可图，当时太监中最有势力的数人均染指其中。
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慈禧知道后立即当面拷问珍妃，并让人从其住处搜获记有其卖官收入的一本账本，于是在光绪二十年甲午(1894年)十月，光绪帝奉慈禧皇太后懿旨，将瑾妃、珍妃著降为贵人(第七等)，“以示薄惩”。根据清宫档案记载，证实珍妃在十月二十八日这天遭到了“褫衣廷杖”，即扒去其衣服用粗棍打，皇妃遭此惩处，这在有清一代是极为罕见的，可见慈禧太后治人的凶狠手段。据说皇帝的老师翁同龢曾在慈禧面前为珍、瑾二妃求情，建议缓办，但遭到拒绝。结果，不仅珍妃受到惩处，连瑾妃也受到妹妹的牵连。之后，珍妃被幽闭于宫西二长街百子门内牢院(也就是常说的“冷宫”)，从此与光绪隔绝，不能见面。
据说在降珍、瑾二妃为贵人的前一天，光绪帝在给慈禧请安时，慈禧铁青着脸，不理睬他，光绪帝竟在地上跪了两个多小时。最后慈禧恶狠狠地说：“瑾妃、珍妃的事，你不管，我来管。不能让她们破坏家法，干预朝政。下去吧!”
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后来八国联军入侵，慈禧准备逃到西安，决定临走前处死珍妃。至于珍妃是如何被慈禧害死的，据《晚清宫廷生活见闻》中一位叫王祥的太监是这样描述的：“王祥那个时候才二十几岁，他清楚地记得，庚子年七月二十日，宫里乱七八糟的，西太后和光绪皇上都改变了装束，就要逃出宫了。就在这当儿，她亲自率领瑾妃和御前首领太监崔玉贵，王德环到了宁寿宫，把珍妃从三所(囚禁珍妃的住所)里提了出来。珍妃在这里不知道已经受了多少折磨。她被提到西太后跟前，我们从门缝里看到她战战兢兢，憔悴的样儿。西太后究竟和她说了些什么，王祥没有听见。后来在场的太监们传说，西太后对她说，现在太后同皇上就要离京了，本来想带她走，但是兵荒马乱的年月，万一洋人入宫，出了什么事，丢了皇家的体面，就对不住祖宗了，让她赶快自尽。还听太监们传说，珍妃对西太后说，皇上应该留在北京，但是还没等珍妃说明道理，西太后就冷笑了一声，抢白她说，“你死在眼前，还胡主张什么。”
这些传说是不是实情，王祥说不能判断。当时王祥从门缝里只看到珍妃跪在西太后面前，哀求留她一条活命，口里不断呼叫“皇爸爸，皇爸爸，饶恕奴才吧!以后不再做错事了!”
西太后气狠狠地呼喝：“你死去吧!”
珍妃说：“我没有应死的罪!”
老太后说：“不管你有罪没罪，也得死!”
珍妃说：“我要见皇上一面，皇上没让我死!”
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太后说：“皇上也救不了你，把她扔到井里头去。来人哪!”
在场的人，有的眼里流着泪，像木鸡似得呆站着，大概谁也不忍下手。
西太后怕时间耽搁久了，就接连着喊叫快点动手。崔玉贵走上前去，和王德环一起把珍妃扯过去，连挟带提地把她丢到了井里去。珍妃临危前，王祥还听到她呼唤“李安达，李安达!”安达是对太监的尊称。这是珍妃呼唤李莲英，求他救救她。但李莲英并没有动，西太后慈禧就是这样残酷地把珍妃害了。