关于珍妃，很多人都说她干预朝政，卖官鬻爵。根据清宫档案记载，光绪二十年的十月二十八日，珍妃受到了褫衣廷杖的处分。有传闻说，光绪皇帝给慈禧请安的时候，太后铁青着脸，根本不理睬皇帝。光绪就在这种尴尬的沉默中跪了两个多小时，动也不敢动。最后慈禧恶狠狠摔下一句话，说：“瑾妃、珍妃的事，你不管，我来管。不能让她们破坏家法，干预朝政，下去吧!”
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翁同龢也曾在时候在慈禧面前为珍妃和瑾妃求情，希望慈禧太后能够缓一缓，但被慈禧果断拒绝，连翁师傅的面子也不给，可见这件事情的严重性。那么，珍妃究竟有没有干预朝政呢?
珍妃和瑾妃的亲属在回忆文章中披露，甲午战争中，珍妃和老师文廷式以及堂兄志锐属于主战派，和主和派之间矛盾冲突十分激烈，文廷式和志锐把战争失败的责任全部算在李鸿章身上，狠狠参奏过李鸿章一本，李鸿章大怒，唆使亲家杨崇伊弹劾珍妃干预朝政，与文廷式和志锐一干人等策划反对慈禧，支持光绪皇帝自主朝纲。此奏一上，戳中了慈禧太后最担心的痛点，于是，文廷式被革职驱逐，志锐被发往乌里雅苏台，出任参赞大臣。
还有人说，珍妃交通外官，把上海的苏松泰道员买了不少钱。事情被慈禧知道了，十分震怒，把珍妃叫来大骂一顿，说：“连祖宗家法都不遵守，眼里还有我吗?”不由分说，吩咐左右痛加责打。根据档案留下来的脉案，就在事发时间左右，太医给珍妃开具的病症中显示：“抽搐气闭，牙关紧急，周身筋脉颤动刻间。”突然出现这样的情况，估计是被打之后的情况无疑。就在珍妃被打得不省人事之际，慈禧颁下懿旨，将瑾、珍二妃降为贵人，说是“以示薄惩，而肃内政。”
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为了配合惩罚，加强教育，慈禧专门制作了两块禁牌，如今仍然保存在故宫博物院。第一块禁牌上写着：光绪二十年十一月初一日奉皇太后懿旨，皇后有统辖六宫之责，俟后，妃嫔等如有不尊家法，在皇帝前干预国政、颠倒是非，着皇后严加访查，据实陈奏，从重惩办，决不宽贷，钦此!这明显是在替自己的侄女隆裕皇后撑腰。但也透露出珍妃被贬的原因：“干预国政，颠倒是非”
第二块禁牌写着：光绪二十年十一月初一日奉皇太后懿旨瑾贵人、珍贵人着加恩准其上殿当差随侍，谨言慎行，改过自新，平素妆饰衣服，俱按宫内规矩穿戴，并一切使用物件不准为例。皇帝前遇年节照例准其呈进食物，其余新巧稀奇物件及穿戴等项不准私自呈进，如有不遵者重责不贷，特谕。
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这里面说的，就是鲜活的珍妃形象了：在皇帝面前很活泼，敢讲话，不拘小节，经常会搞出些稀奇古怪的玩意儿逗皇上开心，她穿着不循规矩，却总能给光绪皇帝新鲜的感觉，也难怪光绪如此宠爱她了。
至于干预国政，到底是所为何事，并没有留下确凿的证据，总之，慈禧在光绪二十年严厉处分珍妃，一定和甲午中日战争的大背景脱不开干系。慈禧从一开始看不惯珍妃到这个时候下决心狠狠惩治，想必也和帝后之间的权力争斗有着千丝万缕的联系。慈禧对珍妃开始怀有敌意，一方面是不希望她压着自己的侄女隆裕皇后，另一方面，如此聪明大胆的女子在光绪身边，总是令她十分不安的，这两块牌子就是明证。