1402年，他夺了亲侄子的皇位，导致了几十万人的战死沙场;建文帝宫中的宫人、女官、太监被杀戮几尽;他一次性枉杀1万4千多人。他还将忠于建文帝的旧臣如方孝儒等人全部杀死;仅方孝儒一家，灭“十族”就杀掉873人!对于建文忠臣的妻女，朱棣竟把她们送进妓院、军营，让人轮奸。有被摧残至死的，朱棣就下圣谕将尸体喂狗吃了。
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朱棣的大老婆徐皇后，于永乐五年(1407年)病死。徐氏死后，朱棣一直未立皇后。后宫有一位权贤妃，是从朝鲜选来的美女，美艳殊丽，能歌善舞，且善吹箫，聪慧过人，最受朱棣宠爱。不料永乐八年(1410年)，权氏随朱棣率兵北征，死于归途，害得朱棣为宠妃很掉了几滴眼泪。实际上明皇的性功能一直是受到史学界怀疑的。明代皇帝喜欢广招天下美女进宫，但他们到底能不能都幸遍后宫，是个疑问。
如成祖朱棣，后宫佳丽多多，甚至要求当时的属国朝鲜朝贡美女。 但根据吴晗主编的《朝鲜李朝实录中的中国史料》(上编/卷4)记载，明成祖的性功夫并不咋样，还曾患过阳痿。
朱棣患难言之隐的故事里，有一个十分恐怖的杀戮宫女事件。当时，朝鲜进贡的美女权氏受宠。《明史·后妃传》说“权氏，朝鲜人。永乐时，朝鲜贡女充掖廷，妃与焉，帝爱怜之，七年封贤妃。” 朱棣去亲征蒙古，都会带着权氏。但却红颜薄命，权氏竟然死于征途上。本对朝鲜宫女有嫉妒之心的汉女吕氏，借机诬告对她不友好的朝鲜同姓吕氏，称其勾结太监和银匠，在权氏的茶里下了砒霜，毒死了权氏。
朝鲜宫女吕氏遭酷刑，被绑在烙铁上，像烤羊肉那样烤，被折磨了一个月才让断气。这次，包括朝鲜吕氏在内，有数百名宫人遭杀。十多年后，朱棣又起杀心，将2800名宫女活剐了。永乐十九年(公元1421年)，汉吕氏与太监鱼氏私通，结为“对食”(夫妻)，朱棣发现后并未责怪他们，但他们害怕，双双上吊自尽了。
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朱棣让人把相关侍婢全部抓起来审讯，问这是怎么回事情。女人哪能受到大刑，为求速死，不少人便谎称要行刺皇帝。结果，麻烦大了，不只这些侍婢被杀，还连累了大批宫女，即朝鲜史书所称的“凡连坐者二千八百人”。
朱棣活剐三千宫女时，有一名宫女骂他，你虽然是皇帝，便自己那个不行了，宫女们与人私通的，何罪之有?朱棣患阳痿的事情才为外人所知。朱棣，也因此成了中国历史上第一个被宫女曝光性无能的皇帝。
朱棣的生母是谁，居然还是个谜，数百年来一直扑朔迷离。中国古代正妻生的儿子称嫡子，非正妻生的儿子称庶子。正妻被称为嫡母，其它的妾被称为庶母。对帝王家来说，嫡子和庶子在名份上有重大差别。按照封建宗法制度，皇帝死了，皇位要由嫡长子继承。即使嫡长子死得早，如果嫡长子有儿子，也要由嫡长子的嫡长子来继承，其他庶子则不得觊觎。
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朱棣自称是马皇后所生，是嫡子。其实，经历代学者考证，明成祖的生母不是马皇后。明成祖的生母问题，不只是关系到他的身世，而且深刻地影响到他一生的行为。有野史记载碽妃就是朱棣生母，并且正史之中也能找到应对此项推测的证据。