裕陵地宫自1975年开启，至今已经三十多年。其中仍有许多谜团未解，疑云笼罩。现择其主要，略作介绍。东陵盗案发生后的1928年8月，溥仪派载泽、耆龄等人进行善后处理。他们在清理裕陵地宫时，发现了一具完整的女尸。参与清理重殓的清室遗臣在东陵期间所写的日记中，都曾提到此事。据这些宗室遗臣判断，此具女尸就是嘉庆皇帝的生母孝仪皇后，卒年49岁。裕陵地宫中的6位墓主人，有比她先死先入葬的，也有比她晚死晚入葬的;有比她年龄小的，也有比她岁数大的。为什么其他5人都成了一堆乱骨，唯独她却尸体完整，没有腐烂，面目如生?至今无法解释。
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裕陵建成于乾隆十七年 (1752年)，建成当年地宫里就出现了渗水。乾隆皇帝曾命大臣三和等加紧维修整治，费了很大劲儿才解决问题。当年，葬入了孝贤皇后、慧贤皇贵妃、哲悯皂贵妃;乾隆二十二年和四十年，又分别葬入淑嘉皇贵妃和令懿皇贵妃 (后追赠为孝仪皇后)。嘉庆四年 (1799年)9月，乾隆皇帝正式入葬。在这前后47年的时间里，地宫里始终没有再出现渗水情况。说明乾隆17年那次对地官的整治是十分成功的。可是，在1928年重殓裕陵遗骨时，地宫里竟有两米多深的积水。自1978年裕陵地宫开放至今，每到盛夏阴雨连绵的季节，更是必须天天抽水，否则渗水就会涌冒上升。裕陵地宫为什么会出现积水，渗水情况是从什么时候再度出现的?这些都未找到答案。
裕陵地宫里的每具棺椁的四角，各有一块重达数百斤的龙山石，将棺椁牢牢地固定在棺床上。龙山石下部伸出的四棱形榫，根部细，头部粗。榫插入石制棺床上的长方形眼中，向旁边相通的方眼一推，由于这个方眼口小下大，龙山石便被牢牢地固定在棺床上。龙山石上面凿有纵向和横向的通槽。椁的竖向边棱被卡在龙山石的纵向槽内，椁底部伸出的横向边棱被龙山石横向的槽卡压，这样棺椁既不能升起，又不能前后、左右移动。然而，孙殿英匪兵在进入裕陵地宫时，竟发现乾隆帝的棺椁不在棺床上，而是顶住了第四道石门。既然棺椁的四角都被龙山石牢固卡压，怎么会飘浮起来呢?至今令人百思不得其解。
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现在裕陵地宫的前三道石门，每道都用四根巨大的四棱形石柱支顶，共有石柱12根。人们一看便知，这些石柱并非原来就存在，而是后来增加的。如果原来就有石柱，巨大的棺椁是根本无法进入地宫的。
为什么要支顶这些石柱，它们又是什么时候支顶的?如果我们仔细观察，就会发现前三道石门的上门槛及以上的枋子，带门簪皆出现了程度不同的裂璺，其中第一道石门尤为严重。如果不采取必要措施，后果会不堪设想。这12根石柱中，第一道石门里侧的两根和第二、第三道石门的8根，都是1989年由清东陵文物管理处古建队支顶的。而第一道石门外侧的两根石柱。支顶日期至今不明。
1928年孙殿英匪军盗陵时，是不会支顶石柱的。是否是溥仪派出的东陵善后大臣所为?这种可能性很小。因为他们在东陵善后期间，每一位都做了详细的日记，就连一些琐碎小事都有记录，但对支顶石柱之事却只字未提。1975年开启裕陵地宫时，这两根石柱就已存在，更不是清东陵文物保管所支顶。
这样看来，两根石柱只能是清朝遗物，而且只能是在乾隆入葬地宫后、隧道填堵前那几天支顶的。因为乾隆入葬前的嘉庆四年 (1799年)7月，在修筑裕陵地宫隧道券内的斜坡地面时，曾计划筑打夯土，但负责工程的大臣绵课发现 “头层石门之上横安石槛已见有裂缝斜纹两道”。为了避免震动，遂奏请皇帝，将筑打夯土改为用砖铺砌，这就形成了我们今天看到的隧道券砖铺地面。石门上槛出现裂缝，嘉庆皇帝是不会置之不管的。可是，在乾隆帝入葬后，绵亿、弘谦、特清额、成林在向嘉庆皇帝奏报 “敬修填砌裕陵元宫门隧道并成砌琉璃影壁等工”的奏折中，并未提及支顶石柱之事。是根本没有支顶，还是因为事小，没有必要写进奏折?我们不得而知。
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这两根石柱到底是什么时候支顶的，至今还是一个谜。
1928年，孙殿英匪军在盗掘裕陵地宫时，曾顺利地打开了前三道石门。但第四道石门却无论如何也不能打开，便气急败坏地用炸药炸开了石门。进了金券后，发现原来有一具巨大的棺木顶住了石门。后来从这具棺木中找到了乾隆帝的头颅骨，才知道这具顶门的棺木就是乾隆帝的。溥仪派善后大臣重殓裕陵遗骨时，将乾隆帝的内棺重新摆放在正面棺床上的正中之位，并将一帝一后三妃的遗骨殓入棺内。可是到了1975年，清东陵文物保管所开启地宫时，又是乾隆帝的内棺顶住了石门。
为什么两次都是乾隆帝的棺木顶住石门?地宫内的积水主要是从地面的石缝中渗出。平缓上升的水面，不会产生波浪水流，更不会有冲击的力量。所以地宫内积水不会将乾隆帝的棺椁冲下棺床。乾隆棺椁顶门之谜。实在令人匪夷所思。