在《女医明妃传》中，英宗不顾群臣反对御驾亲征，结果由于指挥不当，导致全军覆没，皇帝自己也被俘虏。这个事件就是在历史上很有名的“土木堡之变”。
然而，“土木堡之变”却疑点重重，这是怎么回事呢?
在得知瓦剌的也先对明朝边关进行侵犯后，英宗不顾各位大臣的反对，在太监王振的支持下御驾亲征。命令下达了才两天，大军就仓促出发，文武大臣亦仓促而行。大家都知道，打仗可并不是一件容易的事情，而他们居然把远征当儿戏，两天后就出发。武器、粮食等准备情况可想而知，军队也难免会有些混乱。在行动途中，英宗就曾召集大臣要军队保证纪律。
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到了宣府的鸡鸣山后，很多大臣都反对继续再向前。负责看天象的钦天监正彭德清向王振表达了担心，认为继续前行恐怕会有身陷险境的危险。结果王振痛骂道：“真要是这样，那就是天命!”
皇帝到了大同后，跟瓦剌有秘密往来的大同镇守太监郭敬称，如果继续出兵，可能就会中了也先的诡计。这就说明，明军还打算在境外寻找瓦剌的主力进行决战。由于众多大臣不愿意继续出兵，因此明军决定返回。
结果在返回途中，明军却变更了行军路线。根据原计划，是从蔚州返回，然而，在行军过程中，却变成了从宣府返回。从地图上看，毫无疑问是蔚州方向更安全。可为什么明英宗要走宣府呢?真的是因为王振怕踩坏了家乡的庄稼么?其实不是，无论是军官郭登还是王振，都是主张从紫荆关走，《实录》的说法其实是为尊者讳。正是由于明英宗没有同意，才造成了后面的悲剧。
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在皇帝回途中，宣府的谍报在跟皇帝说也先的人马在打你的后军后，就什么动作也没有了，也没有出援皇帝。这说明，坐拥重兵的杨洪与也先已经达成了默契，至少有通敌嫌疑。更不可思议的是，坐视皇帝被俘的宣府守将杨洪不但未被追究责任，反而被文官升官加爵。
在与也先的战斗中，皇帝派出的几位军官先后战死，这里面就有身为将门虎子的成国公朱勇，他带领的四万精兵也全军覆灭。很明显，明军遇到的是也先主力。
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等明军到了土木堡后，才发现这里的水源竟然也被也先断了。毫无疑问，也先大军对这里是非常熟悉。为了吃掉明军，也先军假装离开这里，等明军出来喝水时，也先军趁机突击，于是明军溃散，皇帝也被俘。
土木堡之变后，北京留守文官迅速把持了朝中大权，新任兵部尚书于谦也赢得了北京保卫战。之后，于谦对皇帝直属的三大营进行改革，将其改为十团营，文官于谦成为首任提督。可以说，通过这次改革，文官集团掌握了军权。武将勋贵势力由于在土木堡之变中受损严重，导致在朝中难于再与文官势力进行抗衡，负责统兵的五军都督府也逐渐成为摆设，武将的地位也是越来越低。可以说，文官集团是土木堡之变的最大赢家。