虽然进入20世纪后半期以来秦始皇的行情一直看涨，尤其是近20年来直接对中国普通百姓历史观产生巨大影响的电影和电视剧把秦始皇描绘得英雄盖世，千古无双，人格也越来越高大，任何反抗秦始皇的人似乎都成了反对历史进步的反动派和丑类，不过好像还没人出来否认秦始皇焚书坑儒。两千多年来中国文化界对秦始皇曾经焚书坑儒这件事本身并没有争议，不但司马迁言之凿凿，而且历代史家必提此事，熟读史籍的毛泽东还说秦始皇坑得比“我们”少多了。
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略有争议的是，秦始皇焚书坑儒的目的是什么，坑的那些人是否全是儒等，对焚书坑儒的事实并不存疑。但是近来究竟有没有“坑儒”这事却成了一桩公案。先是中华读书报2009年11月18日文化周刊国学版刊登了李开元先生的《焚书坑儒，半桩伪造的历史》(以下简称《伪造》)一文。接着该报2010年2月24日国学版发表了马执斌先生的《“焚书坑儒”辨》，表达了“李先生对‘坑儒’提出四个疑点，笔者十分赞同”。《伪造》我没有读到，不便置喙。但是对《“焚书坑儒”辨》的结论“我们承认秦始皇的残暴，但不赞成让秦始皇背坑儒的黑锅，因为实事求是是史学工作者应当永远尊奉的圭臬”，却不敢苟同。我反复读了的《“焚书坑儒”辨》(以下简称《辨》)，觉得秦始皇坑儒此事被马先生旁征博引论证之后非但没有被推翻，反倒变得更加确定无疑了。要说背“黑锅”的话，被冤枉的不是秦始皇，而是“黑锅”。
《辨》文说秦始皇下令焚书“不难发现其目的确实不在灭绝儒学，而在禁止私学。”这话没有抓住要害。
《史记·秦始皇本纪》李斯奏道：
……异时诸侯并争，厚招游学。今天下已定，法令出一，百姓当家则力农工，士则学习法令辟禁。今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首。丞相臣斯昧死言：古者天下散乱，莫之能一，是以诸侯并作，语皆道古以害今，饰虚言以乱实，人善其所私学，以非上之所建立。今皇帝并有天下，别黑白而定一尊。私学而相与非法教，人闻令下，则各以其学议之，入则心非，出则巷议，夸主以为名，异趣以为高，率群下以造谤。如此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便。臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》、《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪……
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学问家出身的李斯上奏充分表明，他深知书籍和文人对于政权的重要性。夺取政权一定要争取知识分子，巩固政权必定要控制知识分子。李斯之言讲得非常直白，一点空话套话的虚饰都没有：当初为了夺取天下，秦国不但要笼络人才，把各地游学的士人尽可能多地“招”来，还要“厚”待他们，使其心甘情愿地乐于为秦所用而不让他国用。现在天下统一了，这些人已经没有从前那么大的利用价值，用不着再厚待。可是这些士人还要以自己的学问来责难当世，蛊惑百姓，破坏当今的统治。因此李斯认为现在应该只许他们老老实实，不许他们乱说乱动，这样百姓就不会思想混乱，只知道傻乎乎卖力气干活，不会有任何反对朝廷的想法和行为了。李斯显然不是主张杀尽儒生，而是要杀尽那些不听话的敢于“非上”者。也不是主张秦国绝对不许有《诗》、《书》之类的书籍，不过只能保存在皇家的官方藏书室里，民间不许留哪怕一点。也不是绝对不许别人读《诗》、《书》之类的书，只是必须按照官方口径解释，不得越雷池一步。为什么要禁绝《诗》、《书》之类的书籍?就是因为这些书读了会使人产生对于已经被朝廷定于一尊的思想的怀疑和不满，不但“心非”，还会在公共场合“巷议”，批评朝政。于是“异”就成了“谤”。只有禁止私学，才能禁止这些与官方口径不同的学说影响扩散，从而可能危及统治者的宝座。儒生只要乖乖地听话，按照官方口径解释《诗》、《书》之类，在教化百姓服从统治和按照官方正统理论来统一大家的思想方面还是可以大有作为的。所以禁止“私学”只是手段而不是目的，真正的目的不仅是要垄断办学权力，“回到官学”(《辨》)，归根结底是要垄断思想，独霸话语权。非但不允许公开议论，连想都不让你想，从根本上给你彻底洗脑。总之，只要是“非”的、有可能危害“一”的，有可能“乱”的，敢于“议”朝政而影响“一尊”的，都要禁，都要杀。这就是焚书坑儒和不让办“私学”的要害。
《辨》文将“坑儒”事件定性为“故事”，说“故事原型见于《说苑》卷二十《反质》”。《辨》文引唐刘知己《史通·杂说篇》批评西汉刘向《说苑》“广陈虚事，多构伪词”，于是就得出结论，“《说苑》属稗官野史之流，坑儒一事，本不足信。”从而否定历史上曾经有秦始皇坑儒之事。刘向的《说苑》虽然有刘知己指出的毛病，但刘知己只是说它“广陈虚事，多构伪词”，而没有使用全称判断说它“全陈虚事，皆构伪词”，全盘否定《说苑》的价值。而《辨》文却由此就否定它对于“坑儒”记载的真实性，这在逻辑上是站不住脚的。更令人不解的是，《辨》文说司马迁“基本上因袭《说苑·反质》的传闻”。司马迁为西汉中叶人(公元前135——前93年)，他去世十六年后刘向(公元前77——前6年)才出生，《辨》文也说刘向是“西汉末叶”人。但是司马迁居然会“因袭”一个当时还没有出生者的内容，那不也成了关公战秦琼了吗?这反而证明《说苑》起码在“坑儒”这件事情的记载上没有“陈虚事”、“构伪词”。
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《辨》文否定坑儒事实的理由之一是，若有此事，“秦末汉初非孔姓的儒生肯定有人会讲述此事”。他举了伏生等四人之例后说，“这些人谁也没谈论过秦始皇坑儒的事情。特别值得提出的汉初儒学巨子贾谊，他写的那篇脍炙人口的政论文《过秦论》，专门批判秦始皇的过失，里面说秦始皇‘废先王之道，焚百家之言，以愚黔首……’根本没谈坑儒之事。”其实不然。两千年来许多司马迁当年尚存的文献已经湮灭，现在所见伏生等四人的片言只语不能代表其讲过的全部。《过秦论》像当时一些政论文一样爱用对偶句式，这里的“百家”就指代焚书坑儒两个方面的事实。何以见得?李斯的原话是“非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》、《书》者弃市。”藏《诗》、《书》要烧，语《诗》、《书》要杀，可见李斯是将儒家典籍《诗》、《书》作为“百家”的代表的，李斯和秦始皇对儒家的恐惧与仇视要超过百家中的其他任何一家。如果按照《辨》文的逻辑，那贾谊就等于说只焚了“百家”书而不包括儒家典籍了。所以“焚百家”就是对待儒家的态度，何况下文“杀豪杰”已经用了个“杀”字，不但文字不宜重复，而且所杀“豪杰”中就包括了敢于对秦廷非议者。