如果从努尔哈赤建立后金称汗算起，到公元1912年宣统帝退位，在长达二百九十六年的历史中，将生前当过皇后和死后追封的算在一起，大清共有三十一位皇后。这些皇后当中所有人在死后都有迹可考，唯独顺治皇帝的第一任皇后博尔济吉特氏，在被废以后居然失踪了。顺治皇帝是大清入关的第一任皇帝，那么他的原配博尔济吉特氏自然也是入关后的第一任皇后。她来自蒙古的科尔沁大草原，在她之前，这个显赫的家族已经有两位大清皇后和一名皇妃，而这位顺治帝皇后就是孝庄皇太后的亲侄女。
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顺治八年(1651年)八月十三日，十四岁的福临举行了大清第一次的皇帝大婚，顺治皇帝御升太和殿，接受诸王、贝勒和文武百官的祝贺。同日，册立博尔济吉特氏为皇后，诏告天下。这位蒙古新娘不仅国色天香，而且非常聪明伶俐，顺治皇帝称赞他“容止足称佳丽，亦极巧慧”。按理说顺治对这位表妹应该是很满意的。然而两年以后，顺治竟与她分居，并下定了决心要将她废掉，皇帝的这一举动，立刻引起了大臣的反对。
顺治十年(1653年)，顺治帝正式发布谕旨，废掉了皇后，降为静妃，改居侧宫。谕旨一出，举朝哗然。尤其是那些在儒家思想和封建传统观念比较浓厚的汉臣中，反应更为强烈。各部大臣纷纷上书表示极力反对。经过顺治皇帝和众大臣的几次互动，最终废后的热潮风平浪静，至此这位只当了两年的皇后博尔济吉特氏黯然离开了坤宁宫，极不情愿的走进了冰冷阴森的冷宫。从此她只能与世隔绝，每天只能看到高高的宫墙，四角的天空。
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顺治十七年(1660年)，顺治皇帝在为悼念皇贵妃董鄂氏御制的《行状》中披露了其中的秘密。原来这位皇后有两个极其严重的缺点，一个是吃醋过甚，二是奢靡无度。顺治皇帝后宫，美女如云，后妃成群。凡是这位皇后认为容貌出众，姿色超群的妃嫔，她就视为眼中钉肉中刺。特别是超过自己的，她更恨之入骨，千方百计的设计陷害，置之死地。顺治皇帝性格刚烈，喜欢广幸嫔妃，普施雨露。起初顺治还能忍耐，时间长了就很难相处了，于是顺治不得不分居而过，不再理睬她。两年多以来，顺治皇帝郁郁寡欢，愁眉不展，竟然抑郁成病。作为母亲的孝庄皇太后对后宫的一举一动都看在眼里，深知自己儿子的病根，唯恐日子长久，儿子身体承受不了。万一有个三长两短，那可不得了。所以当顺治皇帝将废皇后的想法告诉孝庄的时候，孝庄表示：废不废皇后，我不干涉，任由皇帝做主。在这件事上，足见孝庄的深明大义和宽广的胸怀。
顺治皇帝在得到母后的首肯后，毅然废掉了皇后，皇后被废以后，宫内上下没有一个人怀念她，足以证明这位皇后早已失去人心，结局是注定的。
皇后被废多年以后，深居冷宫，从此以后销声匿迹，官方记载中只字不提，就好像失踪了一样。
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顺治皇帝的嫔妃都葬在了清东陵的孝陵内。《陵寝易知》一书中详细记载了葬入孝东陵人物的名号，唯独没有这位废后，至于这位废后是何时死的，最终葬在哪里也没有详细记载，几百年来成为了一个谜团。
据朝鲜《李朝实录》记载，这位皇后被废以后，不知是被顺治赶回了娘家，还是自己主动请求回到娘家，总之是回到了蒙古的科尔沁部。那时的废后已经有了身孕，回到娘家后不久，便生下了一个男孩，在废后的精心抚育下，这个男孩健康长大。当男孩长到十四岁时，清廷才知道此事。
清廷非常担心将来蒙古会立这位男孩为皇帝，所以多次索要，而废后拒不送还，至于之后的情况《李朝实录》也没有了记载，所以结果是什么样的也不得而知了。毕竟这是海外的孤证，所以很难证明事实的可信性。